48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_R0039 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_R0039  tRNA-Pro  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.122953 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0024  tRNA-Pro  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00967151  normal  0.661007 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0042  tRNA-Pro  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.164051  normal  0.792068 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0050  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0008  tRNA-Pro  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60160  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000641605  hitchhiker  0.0000000111412 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5179  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R82  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106099  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60070  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.662949  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0029  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t40  tRNA-Pro  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000171726  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0022  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.912815  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0046  tRNA-Pro  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000000003033  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0019  tRNA-Pro  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0019  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000286409  normal  0.184276 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0007  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0022  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.367488  normal  0.0190369 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0009  tRNA-Pro  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.00000000000618395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0043  tRNA-Pro  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.025713  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0026  tRNA-Pro  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.358693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0031  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000153307  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0031  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000674228  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R84  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112788  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA24  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.903003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA12  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000032526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA10  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000713985  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t14  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t12  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762961  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>