More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_R0016 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128049  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0008  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000809396  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0072  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000540506  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0063  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.808449  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0080  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0009  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292395  normal  0.689631 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0011  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000293397  hitchhiker  0.000919348 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0015  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00408326  hitchhiker  0.00315011 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t04  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t10  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0117548  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t16  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.266667  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t41  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.155004  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t62  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.132362  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0008  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000983847  hitchhiker  0.000163043 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0054  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00629084  normal  0.3868 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA15  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.140136  normal  0.0102335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA50  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000979507  normal  0.305106 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA6  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0168581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA72  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000170851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA81  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00142149  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0012  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00270892  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R14  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000817824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R3  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00599738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R43  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000550301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R58  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000367704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R79  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000916269  hitchhiker  0.00756682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R92  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000124955  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0097  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000376718  normal  0.165584 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0060  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000273656  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0006  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000138481  normal  0.649612 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0023  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000263771  hitchhiker  0.000576138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0078  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000280494  normal  0.145068 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0062  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000746222  normal  0.783318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0033  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000292455  normal  0.447414 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0091  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000036342  hitchhiker  0.00439232 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4580  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6552  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0038  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0039  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0737446 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0058  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0056  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0048  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.498854 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4552  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566095  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1707  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0049  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0164  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.405268  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1834  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0047  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0020  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6555  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0040  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0056  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla01  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 79 bp  107  4e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla02  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 79 bp  107  4e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t10  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.922263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t49  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t69  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.595714  hitchhiker  0.00914053 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0005  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000294423  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0065  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3541  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000166638  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1330  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00172601  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0016  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000267693  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1169  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000639478  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3831  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.394799  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3567  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0488975  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0593  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00108095  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0927  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000140839  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1339  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00103294  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00265908  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000179192  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000191328  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3770  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000042375  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0016  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000390105  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0054  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.755946  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0003  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000586808  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1475  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000234459  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3560  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000184914  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1910  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000831958  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3107  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538271  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0003  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000305721  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0036  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000936293  normal  0.188106 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0072  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000523195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0700  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000193557  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_R0084  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0103479  hitchhiker  0.00836377 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0079  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000825474  normal  0.0444964 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0065  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0054  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2045  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000150317  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1098  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000248852  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2896  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000192555  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3093  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000502528  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0038  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00088301  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0053  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00546912  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0064  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00130202  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0073  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0010324  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0085  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0112026  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>