36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9112 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9112    100 
 
 		 198 bp  392  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9080    98.99 
 
 		 1404 bp  377  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4629    86.49 
 
 		 351 bp  168  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9017    98 
 
 		 303 bp  91.7  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8057    98 
 
 		 830 bp  91.7  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.133932  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2674  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3112  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3086  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.864475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2866  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2819  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0640  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.337003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2665  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.224592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2358  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0867438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2329  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137968  normal  0.366873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2099  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0660  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0782  integrase, catalytic region  82.79 
 
 		 714 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0865  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0872  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.453841 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1018  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.759642 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1299  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1492  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.246201  normal  0.113657 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1932  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.827485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1945  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1964  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2047  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2082  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2135  helix-turn-helix, Fis-type  82.79 
 
 		 981 bp  75.8  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4906  integrase catalytic subunit  86.15 
 
 		 618 bp  58  0.0000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.350856 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5077  integrase catalytic subunit  86.15 
 
 		 801 bp  58  0.0000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3826  integrase catalytic subunit  85.07 
 
 		 981 bp  54  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5451  Integrase catalytic region  85.07 
 
 		 981 bp  54  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5505  Integrase catalytic region  85.07 
 
 		 981 bp  54  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6453  Integrase catalytic region  86.54 
 
 		 981 bp  48.1  0.0009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3080    83.58 
 
 		 870 bp  46.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3084    83.58 
 
 		 870 bp  46.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>