128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_3080 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_0388  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 120 bp  238  3e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.364559  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3080  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 120 bp  238  3e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0055  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0054  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.732284  normal  0.149841 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0006  5S ribosomal RNA  91.03 
 
 		 114 bp  99.6  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000910562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0053  5S ribosomal RNA  91.03 
 
 		 114 bp  99.6  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0013  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 112 bp  83.8  0.000000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0037  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 112 bp  83.8  0.000000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0134704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0055  5S ribosomal RNA  95.24 
 
 		 113 bp  67.9  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0020  5S ribosomal RNA  95.24 
 
 		 113 bp  67.9  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.420174  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0070  5S ribosomal RNA  95.24 
 
 		 113 bp  67.9  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.319985  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0006  5S ribosomal RNA  95.24 
 
 		 113 bp  67.9  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00493  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 114 bp  63.9  0.000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0275686  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05582  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 114 bp  63.9  0.000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00903863  normal  0.193951 
 
 
-
 
NC_003295  RS05739  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 114 bp  63.9  0.000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0893083  normal  0.824943 
 
 
-
 
NC_003296  RS05424  ribosomal RNA-5S  97.22 
 
 		 114 bp  63.9  0.000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.133858 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0054  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 112 bp  63.9  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0051  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 113 bp  63.9  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.344067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0055  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 113 bp  63.9  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0050  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 114 bp  63.9  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0060  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 114 bp  63.9  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0074  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 114 bp  63.9  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0079  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 114 bp  63.9  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.810647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0041  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 113 bp  63.9  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.742431 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0060  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 113 bp  63.9  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166079  normal  0.534885 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0044  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 113 bp  63.9  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0066  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 113 bp  63.9  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.506622  normal  0.0321697 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0065  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 112 bp  63.9  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.509786  normal  0.0321697 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0043  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 112 bp  63.9  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_5s_rrfB  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165355  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm5SC  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0456447  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0070  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0195092  hitchhiker  0.00000402185 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0010  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0075  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0262155  hitchhiker  0.00115285 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0018  5S ribosomal RNA  94.87 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0049  5S ribosomal RNA  94.87 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0059  5S ribosomal RNA  94.87 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.160343  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0074  5S ribosomal RNA  94.87 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0001  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000461312  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1477  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158261  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3558  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0127005  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1912  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0150114  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0088  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0322083  normal  0.324447 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0009  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0019  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000864469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0029  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401927  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0071  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0005  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0003  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2043  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0131191  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3091  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000275614  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0029  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 114 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0070  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 114 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0005  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 114 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.47652  normal  0.759465 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0011  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 114 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.52779  normal  0.472403 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0016  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 114 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000150605  normal  0.0430285 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0006  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.723567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0077  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.552404  normal  0.045853 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0004  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0036  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0051  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0062  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0224651  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0075  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0087  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0001  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.431596  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0011  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000846557  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0021  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19891  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0063  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 97 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0660998  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0080  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0083115  normal  0.01969 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_R0086  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0207651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0001  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 117 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0007  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00293377  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0925  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00633245  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1991  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0152339  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1332  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 118 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.68325  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3539  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 118 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530796  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3768  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 118 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000330068  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0595  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 118 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.884038  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1341  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 117 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.608351  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3829  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.336561  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0498  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0907  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 118 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.424601  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1894  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 118 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0186999  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3544  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 116 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0008  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000880421  hitchhiker  0.00620133 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0023  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0267616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0065  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0076  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.885608  normal  0.494732 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_R0083  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0152659  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0001  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 112 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0011  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 112 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000918889  normal  0.089753 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0021  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 112 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0488476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0063  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 112 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.277113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_R0089  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 112 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.826807 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_R0083  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 112 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.208795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0001  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0011  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000425687  normal  0.592263 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0021  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0063  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00759396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0081  5S ribosomal RNA  97.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.567884  normal  0.932493 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>