158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0037 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0013  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 112 bp  222  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0037  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 112 bp  222  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0134704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0049  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 113 bp  107  6e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.71589  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0054  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 113 bp  107  6e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160413  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0017  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 113 bp  107  6e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0005  5S ribosomal RNA  87.27 
 
 		 113 bp  107  6e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0055  5S ribosomal RNA  90.79 
 
 		 113 bp  95.6  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00493  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 114 bp  87.7  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0275686  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05582  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 114 bp  87.7  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00903863  normal  0.193951 
 
 
-
 
NC_003295  RS05739  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 114 bp  87.7  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0893083  normal  0.824943 
 
 
-
 
NC_003296  RS05424  ribosomal RNA-5S  88.1 
 
 		 114 bp  87.7  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.133858 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0044  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 113 bp  87.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0043  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 112 bp  87.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0020  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 113 bp  87.7  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.420174  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0041  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 113 bp  87.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.742431 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0055  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 113 bp  87.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0065  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 112 bp  87.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.509786  normal  0.0321697 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0060  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 113 bp  87.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166079  normal  0.534885 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0054  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 112 bp  87.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0051  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 113 bp  87.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.344067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0006  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 113 bp  87.7  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0070  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 113 bp  87.7  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.319985  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0066  5S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 113 bp  87.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.506622  normal  0.0321697 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0006  5S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 114 bp  83.8  0.000000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000910562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0053  5S ribosomal RNA  88.37 
 
 		 114 bp  83.8  0.000000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0008  5S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 113 bp  83.8  0.000000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.450006  normal  0.0178877 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0030  5S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 113 bp  83.8  0.000000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00451705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0054  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  83.8  0.000000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.732284  normal  0.149841 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0055  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  83.8  0.000000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3080  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 120 bp  83.8  0.000000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0388  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 120 bp  83.8  0.000000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.364559  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0050  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 112 bp  81.8  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.257337  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0045  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 112 bp  81.8  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0015  5S ribosomal RNA  83.64 
 
 		 113 bp  75.8  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.968472  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0065  5S ribosomal RNA  83.64 
 
 		 113 bp  75.8  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0054  5S ribosomal RNA  83.64 
 
 		 113 bp  75.8  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0018  5S ribosomal RNA  87.64 
 
 		 113 bp  73.8  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0049  5S ribosomal RNA  87.64 
 
 		 113 bp  73.8  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0059  5S ribosomal RNA  87.64 
 
 		 113 bp  73.8  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.160343  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0074  5S ribosomal RNA  87.64 
 
 		 113 bp  73.8  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0082  5S ribosomal RNA  87.64 
 
 		 113 bp  73.8  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0085  5S ribosomal RNA  87.64 
 
 		 113 bp  73.8  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0053  5S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 112 bp  73.8  0.000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0016  5S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 112 bp  73.8  0.000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.966007  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0064  5S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 112 bp  73.8  0.000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0029  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 114 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0070  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 114 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0080  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 114 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000339218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0005  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 114 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.47652  normal  0.759465 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0011  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 114 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.52779  normal  0.472403 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0016  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 114 bp  71.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000150605  normal  0.0430285 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0081  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.567884  normal  0.932493 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0076  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.885608  normal  0.494732 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0065  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0023  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0267616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_R0083  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 89 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0152659  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0088  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0322083  normal  0.324447 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0009  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0019  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000864469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0029  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401927  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0071  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0005  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0008  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000880421  hitchhiker  0.00620133 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0063  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00759396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_R0089  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 112 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.826807 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0063  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 112 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.277113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_R0083  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 112 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.208795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0004  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0036  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0051  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0062  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0224651  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0075  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0087  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0021  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0011  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000846557  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0021  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19891  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0011  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000425687  normal  0.592263 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0080  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0083115  normal  0.01969 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_R0086  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0207651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0001  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 117 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0010a  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 117 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00320739  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0020  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 117 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28534  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0061  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 117 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0077  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.119263 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_R0086  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.778781  normal  0.0260386 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0021  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 112 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0488476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0011  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 112 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000918889  normal  0.089753 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0013  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.418621 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0048  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 133 bp  69.9  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0058  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.639395  normal  0.537151 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_R0086  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0001  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 112 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0001  5S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 113 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0040  5S ribosomal RNA  82.73 
 
 		 113 bp  67.9  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.970525  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0012  5S ribosomal RNA  82.73 
 
 		 113 bp  67.9  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0244484  decreased coverage  0.00373805 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0017  5S ribosomal RNA  82.73 
 
 		 113 bp  67.9  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267476  normal  0.100702 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0034  5S ribosomal RNA  82.73 
 
 		 113 bp  67.9  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.447653 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0089  5S ribosomal RNA  82.73 
 
 		 113 bp  67.9  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000548546 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0094  5S ribosomal RNA  82.73 
 
 		 113 bp  67.9  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104212 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0074  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 114 bp  65.9  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>