155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_R0030 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_R0008  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 113 bp  224  4e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.450006  normal  0.0178877 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0030  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 113 bp  224  4e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00451705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0040  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 113 bp  208  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.970525  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0054  5S ribosomal RNA  97.35 
 
 		 113 bp  200  5e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0094  5S ribosomal RNA  97.35 
 
 		 113 bp  200  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0089  5S ribosomal RNA  97.35 
 
 		 113 bp  200  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000548546 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0015  5S ribosomal RNA  97.35 
 
 		 113 bp  200  5e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.968472  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0065  5S ribosomal RNA  97.35 
 
 		 113 bp  200  5e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0012  5S ribosomal RNA  97.35 
 
 		 113 bp  200  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0244484  decreased coverage  0.00373805 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0017  5S ribosomal RNA  97.35 
 
 		 113 bp  200  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267476  normal  0.100702 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0034  5S ribosomal RNA  97.35 
 
 		 113 bp  200  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.447653 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0064  5S ribosomal RNA  97.3 
 
 		 112 bp  196  8.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0016  5S ribosomal RNA  97.3 
 
 		 112 bp  196  8.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.966007  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0053  5S ribosomal RNA  97.3 
 
 		 112 bp  196  8.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0010  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 		 113 bp  192  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.705178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0051  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 		 113 bp  192  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0061  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 		 113 bp  192  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00521103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0013  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 		 113 bp  192  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.418621 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0048  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 		 133 bp  192  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0058  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 		 113 bp  192  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.639395  normal  0.537151 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0049  5S ribosomal RNA  94.69 
 
 		 113 bp  176  8e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.71589  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0054  5S ribosomal RNA  94.69 
 
 		 113 bp  176  8e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160413  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0004  5S ribosomal RNA  94.69 
 
 		 113 bp  176  8e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0020  5S ribosomal RNA  94.69 
 
 		 113 bp  176  8e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.836189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0038  5S ribosomal RNA  94.69 
 
 		 113 bp  176  8e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0050  5S ribosomal RNA  94.59 
 
 		 112 bp  172  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.257337  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0045  5S ribosomal RNA  94.59 
 
 		 112 bp  172  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00493  5S ribosomal RNA  93.81 
 
 		 114 bp  168  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0275686  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05582  5S ribosomal RNA  93.81 
 
 		 114 bp  168  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00903863  normal  0.193951 
 
 
-
 
NC_003295  RS05739  5S ribosomal RNA  93.81 
 
 		 114 bp  168  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0893083  normal  0.824943 
 
 
-
 
NC_003296  RS05424  ribosomal RNA-5S  93.81 
 
 		 114 bp  168  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.133858 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0051  5S ribosomal RNA  93.81 
 
 		 113 bp  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.344067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0017  5S ribosomal RNA  93.81 
 
 		 113 bp  168  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0005  5S ribosomal RNA  93.81 
 
 		 113 bp  168  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0060  5S ribosomal RNA  93.81 
 
 		 113 bp  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166079  normal  0.534885 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0041  5S ribosomal RNA  93.81 
 
 		 113 bp  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.742431 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0326c  5S ribosomal RNA  93.81 
 
 		 116 bp  168  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.318639 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0055  5S ribosomal RNA  93.81 
 
 		 113 bp  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0044  5S ribosomal RNA  93.81 
 
 		 113 bp  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0066  5S ribosomal RNA  93.81 
 
 		 113 bp  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.506622  normal  0.0321697 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0054  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 112 bp  167  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0043  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 112 bp  167  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0065  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 112 bp  167  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.509786  normal  0.0321697 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0063  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00759396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0076  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.885608  normal  0.494732 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0011  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000425687  normal  0.592263 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0001  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0088  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0322083  normal  0.324447 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0009  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0019  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000864469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0029  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401927  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0071  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0005  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0023  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0267616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_R0086  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0008  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000880421  hitchhiker  0.00620133 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0065  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0004  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0036  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0051  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0062  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0224651  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0075  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0087  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0011  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000846557  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0021  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19891  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0081  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.567884  normal  0.932493 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0080  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0083115  normal  0.01969 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_R0086  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0207651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0001  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 117 bp  161  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0010a  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 117 bp  161  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00320739  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0020  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 117 bp  161  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28534  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0061  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 117 bp  161  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0077  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.119263 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_R0086  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.778781  normal  0.0260386 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0021  5S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 113 bp  161  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0001  5S ribosomal RNA  92.79 
 
 		 112 bp  157  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0011  5S ribosomal RNA  92.79 
 
 		 112 bp  157  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000918889  normal  0.089753 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_R0083  5S ribosomal RNA  92.79 
 
 		 112 bp  157  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.208795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0021  5S ribosomal RNA  92.79 
 
 		 112 bp  157  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0488476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0063  5S ribosomal RNA  92.79 
 
 		 112 bp  157  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.277113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_R0089  5S ribosomal RNA  92.79 
 
 		 112 bp  157  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.826807 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0050  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 114 bp  155  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0060  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 114 bp  155  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0074  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 114 bp  155  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0079  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 114 bp  155  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.810647  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_5s_rrfB  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 116 bp  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165355  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm5SC  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 116 bp  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0456447  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0006  5S ribosomal RNA  94.9 
 
 		 114 bp  147  7.0000000000000006e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000211107  hitchhiker  0.000000000129929 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3558  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 116 bp  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0127005  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1912  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 116 bp  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0150114  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2043  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 116 bp  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0131191  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0011  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 114 bp  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.52779  normal  0.472403 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0016  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 114 bp  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000150605  normal  0.0430285 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3768  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 118 bp  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000330068  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0595  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 118 bp  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.884038  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3565  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 117 bp  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.35308  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3829  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 116 bp  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.336561  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0498  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 116 bp  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0907  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 118 bp  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.424601  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1894  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 118 bp  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0186999  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>