160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_R0074 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_R0050  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 114 bp  226  9e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0060  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 114 bp  226  9e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0074  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 114 bp  226  9e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0079  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 114 bp  226  9e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.810647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0006  5S ribosomal RNA  96 
 
 		 114 bp  167  6.9999999999999995e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000211107  hitchhiker  0.000000000129929 
 
 
-
 
NC_003295  RS00493  5S ribosomal RNA  93.86 
 
 		 114 bp  163  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0275686  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05582  5S ribosomal RNA  93.86 
 
 		 114 bp  163  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00903863  normal  0.193951 
 
 
-
 
NC_003295  RS05739  5S ribosomal RNA  93.86 
 
 		 114 bp  163  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0893083  normal  0.824943 
 
 
-
 
NC_003296  RS05424  ribosomal RNA-5S  93.86 
 
 		 114 bp  163  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.133858 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0015  5S ribosomal RNA  93.86 
 
 		 113 bp  163  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.968472  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0041  5S ribosomal RNA  93.86 
 
 		 113 bp  163  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.742431 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0044  5S ribosomal RNA  93.86 
 
 		 113 bp  163  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0065  5S ribosomal RNA  93.86 
 
 		 113 bp  163  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0066  5S ribosomal RNA  93.86 
 
 		 113 bp  163  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.506622  normal  0.0321697 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0055  5S ribosomal RNA  93.86 
 
 		 113 bp  163  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0051  5S ribosomal RNA  93.86 
 
 		 113 bp  163  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.344067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0054  5S ribosomal RNA  93.86 
 
 		 113 bp  163  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0060  5S ribosomal RNA  93.86 
 
 		 113 bp  163  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166079  normal  0.534885 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0004  5S ribosomal RNA  93.86 
 
 		 113 bp  163  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0020  5S ribosomal RNA  93.86 
 
 		 113 bp  163  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.836189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0038  5S ribosomal RNA  93.86 
 
 		 113 bp  163  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0016  5S ribosomal RNA  94.5 
 
 		 112 bp  161  5e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.966007  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0064  5S ribosomal RNA  94.5 
 
 		 112 bp  161  5e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0053  5S ribosomal RNA  94.5 
 
 		 112 bp  161  5e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0065  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 112 bp  159  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.509786  normal  0.0321697 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0054  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 112 bp  159  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0043  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 112 bp  159  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0089  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 113 bp  155  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000548546 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0094  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 113 bp  155  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104212 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0018  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 113 bp  155  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0049  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 113 bp  155  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0059  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 113 bp  155  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.160343  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0074  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 113 bp  155  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0082  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 113 bp  155  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0085  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 113 bp  155  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0040  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 113 bp  155  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.970525  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0034  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 113 bp  155  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.447653 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0017  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 113 bp  155  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267476  normal  0.100702 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0008  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 113 bp  155  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.450006  normal  0.0178877 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0030  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 113 bp  155  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00451705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0013  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 113 bp  155  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.418621 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0048  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 133 bp  155  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0058  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 113 bp  155  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.639395  normal  0.537151 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0012  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 113 bp  155  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0244484  decreased coverage  0.00373805 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0010  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 113 bp  147  7.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.705178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0051  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 113 bp  147  7.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0061  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 113 bp  147  7.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00521103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0029  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 114 bp  139  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0070  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 114 bp  139  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0080  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 114 bp  139  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000339218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0005  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 114 bp  139  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.47652  normal  0.759465 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0011  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 114 bp  139  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.52779  normal  0.472403 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0016  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 114 bp  139  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000150605  normal  0.0430285 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0077  5S ribosomal RNA  90.83 
 
 		 113 bp  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.552404  normal  0.045853 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0075  5S ribosomal RNA  90.83 
 
 		 113 bp  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0262155  hitchhiker  0.00115285 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0070  5S ribosomal RNA  90.83 
 
 		 113 bp  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0195092  hitchhiker  0.00000402185 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0015  5S ribosomal RNA  90.83 
 
 		 113 bp  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.260373  hitchhiker  0.00590134 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0060  5S ribosomal RNA  90.83 
 
 		 113 bp  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000127508  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0050  5S ribosomal RNA  90.83 
 
 		 113 bp  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00276696  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0006  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 118 bp  135  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000490439  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_5s_rrfB  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165355  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm5SC  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0456447  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm5SD  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00449174  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0001  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000461312  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1477  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158261  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3558  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0127005  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1912  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0150114  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0005  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0988602  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3105  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0639464  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0007  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00293377  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0925  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00633245  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1991  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0152339  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1332  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 118 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.68325  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3539  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 118 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530796  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3768  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 118 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000330068  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0595  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 118 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.884038  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1341  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 117 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.608351  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3565  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 117 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.35308  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3829  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.336561  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0498  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0907  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 118 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.424601  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1894  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 118 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0186999  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3544  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0010  5S ribosomal RNA  89.91 
 
 		 113 bp  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0006  5S ribosomal RNA  89.91 
 
 		 113 bp  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.723567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0013  5S ribosomal RNA  89.91 
 
 		 113 bp  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000286071  normal  0.223631 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0003  5S ribosomal RNA  89.91 
 
 		 113 bp  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2043  5S ribosomal RNA  88.6 
 
 		 116 bp  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0131191  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1100  5S ribosomal RNA  88.6 
 
 		 116 bp  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000292681  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2894  5S ribosomal RNA  88.6 
 
 		 116 bp  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.163042  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3091  5S ribosomal RNA  88.6 
 
 		 116 bp  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000275614  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0049  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 113 bp  117  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.71589  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0054  5S ribosomal RNA  90.43 
 
 		 113 bp  117  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160413  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0023  5S ribosomal RNA  88.6 
 
 		 113 bp  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0267616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0065  5S ribosomal RNA  88.6 
 
 		 113 bp  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0029  5S ribosomal RNA  88.6 
 
 		 113 bp  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401927  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0071  5S ribosomal RNA  88.6 
 
 		 113 bp  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0075  5S ribosomal RNA  88.6 
 
 		 113 bp  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0087  5S ribosomal RNA  88.6 
 
 		 113 bp  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0011  5S ribosomal RNA  88.6 
 
 		 113 bp  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000846557  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>