More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0034 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_R0034  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00296097  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0039  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.554845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0023  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0274454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0068  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196442 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0065  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.363336 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0070  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198719 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0043  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0026  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0141321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0019  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.39609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0062  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0040  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0018  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.159981  normal  0.105667 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0020  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0552602  normal  0.107747 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0031  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0017  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.299641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0045  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0510305  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna16  tRNA-Glu  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0022  tRNA-Glu  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0059  tRNA-Glu  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000917431  normal  0.553022 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0055  tRNA-Glu  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101693  normal  0.730333 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0057  tRNA-Glu  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000756674  normal  0.548722 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0022  tRNA-Glu  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.777286  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna14  tRNA-Glu  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.875319  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0026  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.307498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0026  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.062518  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0046  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118448  normal  0.0335348 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0049  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000939786  normal  0.015549 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0052  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.925449 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2828  tRNA-Glu  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.000743233  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2829  tRNA-Glu  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.000126927  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2830  tRNA-Glu  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.000136674  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2831  tRNA-Glu  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.000125741  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2832  tRNA-Glu  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.000126927  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2833  tRNA-Glu  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000102319  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0026  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.197245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAGluVIMSS1309126  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAGluVIMSS1309151  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0730688  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0010  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.644532  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0045  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0011  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.267714  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0041  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0024  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0007  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.183145  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0028  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0945817  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0050  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.517089  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0001  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0034  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.224261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0047  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.374148  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGluVIMSS1309378  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0038  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.012292  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0037  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0115757  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu01  tRNA-Glu  90 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.484379  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu02  tRNA-Glu  90 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu03  tRNA-Glu  90 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAGluVIMSS1309075  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGluVIMSS1309264  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.128341 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGluVIMSS1309208  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.689492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0028  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0045  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0333401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0023  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.60497 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0015  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0055  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211677  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2100  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000590087  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0053  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000275234  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0033  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000357048  normal  0.208315 
 
 
-
 
NC_003295  RS04526  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000165609  normal  0.307347 
 
 
-
 
NC_003295  RS04527  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000178572  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2483  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000121548  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0053  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000534013  normal  0.360789 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Glu-3  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000216886  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0025  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000296278  hitchhiker  0.00778031 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0049  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.00000000000656103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0055  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000192747  normal  0.233868 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0029  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000000053193  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2622  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00008673  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2624  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000121359  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0061  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000386077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0063  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000853208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0065  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.000000000000208338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1986  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000534255  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1988  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000480253  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0027  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000012811  hitchhiker  0.00448856 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0042  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000119208  normal  0.0515471 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0044  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000025462  normal  0.0504095 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0047  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.00000000000669443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0095  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000570772  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0097  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000337615  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0031  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000000347346  normal  0.220713 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3213  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000104569  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2537  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00245562  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2485  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000126526  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0057  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000163741  normal  0.479813 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1373  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  0.000000000880968  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0053  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000584224  normal  0.231331 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2539  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00809573  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0057  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203047  normal  0.241015 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0025  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.598367 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0053  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000314245  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0055  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384652  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0057  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000000345066  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>