More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0031 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_R0031  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0020  tRNA-Glu  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0552602  normal  0.107747 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0018  tRNA-Glu  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.159981  normal  0.105667 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0017  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.299641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0045  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0510305  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0034  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00296097  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna14  tRNA-Glu  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.875319  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna16  tRNA-Glu  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0065  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.363336 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0019  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.39609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0023  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0274454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0070  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198719 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0043  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0068  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196442 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0040  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0062  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0039  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.554845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0026  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0141321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0059  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000917431  normal  0.553022 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0022  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.777286  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0055  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101693  normal  0.730333 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0057  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000756674  normal  0.548722 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0022  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0026  tRNA-Glu  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.197245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0046  tRNA-Glu  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118448  normal  0.0335348 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0049  tRNA-Glu  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000939786  normal  0.015549 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0028  tRNA-Glu  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0945817  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0026  tRNA-Glu  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.062518  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0026  tRNA-Glu  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.307498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0028  tRNA-Glu  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0008  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.114306  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4216  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133179  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0036  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0894618  normal  0.0649973 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0037  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0115757  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0039  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000141026  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3472  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00023531  normal  0.785224 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3401  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0670786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0045  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0050  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.517089  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0097  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000137842  hitchhiker  0.00043068 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0010  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.373505  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0002  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00548293  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0014  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000370587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1919  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00151409  normal  0.292752 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0009  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000494179  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0038  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.012292  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0001  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0034  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.224261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4284  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000489125  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0012  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000289432  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0047  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.374148  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu01  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.484379  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu02  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu03  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0108  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0206919  unclonable  0.0000000263061 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0038  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000180021  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0094  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.453938  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0077  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.155911  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4190  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00029698  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4194  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000043379  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0023  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.60497 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0025  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.598367 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0030  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.454772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0040  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.284768  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0041  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0041  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000565961  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04526  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000165609  normal  0.307347 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0053  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000584224  normal  0.231331 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0027  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000012811  hitchhiker  0.00448856 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0049  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.00000000000656103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0043  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  7.66398e-18  hitchhiker  0.000611065 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0053  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.646689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0055  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000192747  normal  0.233868 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0026  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000157015  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0029  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000000053193  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2622  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00008673  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0025  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000296278  hitchhiker  0.00778031 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0042  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000119208  normal  0.0515471 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0044  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000025462  normal  0.0504095 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0047  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.00000000000669443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0045  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000328054  normal  0.0346347 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0055  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.380229  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0028  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000039203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0031  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000481726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0093  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000098404  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0095  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000570772  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2485  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000126526  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2537  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00245562  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2483  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000121548  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0053  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000534013  normal  0.360789 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0045  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0333401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0057  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203047  normal  0.241015 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2539  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00809573  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0053  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000314245  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0055  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384652  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0057  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000000345066  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1373  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  0.000000000880968  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0051  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149028  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0053  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000275234  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0055  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211677  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>