More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna16 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_rna16  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna14  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.875319  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0059  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000917431  normal  0.553022 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0055  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101693  normal  0.730333 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0022  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.777286  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0022  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0057  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000756674  normal  0.548722 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0046  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118448  normal  0.0335348 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0049  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000939786  normal  0.015549 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0026  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.062518  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0026  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.307498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0047  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.374148  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0037  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0115757  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0045  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0001  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0034  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.224261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0038  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.012292  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu01  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 79 bp  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.484379  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu02  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 79 bp  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu03  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 79 bp  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0050  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.517089  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0031  tRNA-Glu  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0017  tRNA-Glu  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.299641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0045  tRNA-Glu  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0510305  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0034  tRNA-Glu  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00296097  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0026  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.197245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0043  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  7.66398e-18  hitchhiker  0.000611065 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0053  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.646689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0028  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0945817  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0045  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000328054  normal  0.0346347 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0055  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.380229  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0054  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000364712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0055  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537124  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0028  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0045  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0333401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0030  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 78 bp  101  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.454772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0018  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.159981  normal  0.105667 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0020  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0552602  normal  0.107747 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt26  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt27  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt26  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt27  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0186  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2009  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0052  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.925449 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0039  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037327  normal  0.202032 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0111  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000137608  normal  0.208411 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0108  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0041  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00117602  normal  0.194797 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0043  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0177795  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0072  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000259101  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0074  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000046104  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0073  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000527545  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0084  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000679544  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0082  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000277046  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0036  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000509558  normal  0.204566 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0045  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0637715  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0040  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00115197  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0113  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000136278  normal  0.205687 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0112  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000133655  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0110  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000208441  normal  0.204301 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0083  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000720512  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0081  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000920417  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0037  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000218875  normal  0.202852 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0046  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.113543  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0079  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0038  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000255678  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0044  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369113  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0042  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00353157  normal  0.196649 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0107  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000800157  normal  0.198149 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0106  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00248374  normal  0.1959 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0109  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000218236  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0105  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00614062  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0104  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0156595  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0080  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0075  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000263239  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0077  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000145614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0076  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000131941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0078  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000635495  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0043  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0070  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198719 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0040  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0062  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0068  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196442 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0065  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.363336 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0023  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0274454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0026  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0141321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0019  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.39609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0039  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.554845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0030  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0008  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.114306  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0097  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000137842  hitchhiker  0.00043068 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Glu-3  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000216886  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2622  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00008673  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2624  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000121359  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0031  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000481726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0093  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000098404  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0097  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000337615  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>