40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6227 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6227  transcriptional regulator, HxlR family  100 
 
 		 107 aa  213  8e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56146  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0961  putative transcriptional regulator  73.53 
 
 		 134 aa  150  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5094  HxlR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 115 aa  99.8  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.709504  normal  0.631599 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3596  putative transcriptional regulator  50.49 
 
 		 112 aa  96.7  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219854  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2404  HxlR family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 113 aa  94  6e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.598252  normal  0.595258 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1290  transcriptional regulator, HxlR family  54 
 
 		 134 aa  92.8  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1763  helix-turn-helix, HxlR type  46.46 
 
 		 113 aa  85.5  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.168632  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1054  HxlR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 129 aa  83.2  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3220  putative transcriptional regulator  46.34 
 
 		 164 aa  65.9  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00911883  normal  0.552399 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7489  transcriptional regulator, HxlR family  48.24 
 
 		 100 aa  63.9  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1315  HxlR family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 163 aa  63.5  0.0000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.9488  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1715  transcriptional regulator protein-like protein  43.37 
 
 		 154 aa  55.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118442  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1972  putative transcriptional regulator  40.22 
 
 		 103 aa  53.1  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000001755  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3120  putative transcriptional regulator  41.46 
 
 		 107 aa  52  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0075021  normal  0.180211 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2054  putative transcriptional regulator  40.79 
 
 		 105 aa  50.8  0.000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.295818  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1528  putative transcriptional regulator  42.11 
 
 		 107 aa  50.4  0.000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0609  transcriptional regulator, HxlR family  36.26 
 
 		 98 aa  48.1  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.822325  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2492  putative transcriptional regulator  39.47 
 
 		 101 aa  48.1  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.298845  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5059  putative transcriptional regulator  35.87 
 
 		 101 aa  48.1  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306977 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3145  putative transcriptional regulator  39.47 
 
 		 101 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1388  putative transcriptional regulator  39.47 
 
 		 111 aa  48.1  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.682529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2008  HxlR family transcriptional regulator  36 
 
 		 165 aa  43.5  0.0009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3785  transcriptional regulator, HxlR family  34.44 
 
 		 118 aa  43.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.139955  normal  0.719008 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2326  HxlR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 237 aa  43.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.503495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1090  HxlR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 103 aa  43.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000252079  normal  0.0375915 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5643  hypothetical protein  31.46 
 
 		 104 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00272116  hitchhiker  0.0000000000000412224 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5238  HxlR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 228 aa  41.6  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.599716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5216  transcriptional regulator, HxlR family  31.52 
 
 		 152 aa  41.6  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5302  hypothetical protein  30.34 
 
 		 104 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5044  hypothetical protein  30.34 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4874  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4889  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5428  hypothetical protein  30.34 
 
 		 104 aa  41.2  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5284  hypothetical protein  30.34 
 
 		 104 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000956827 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5315  hypothetical protein  30.34 
 
 		 104 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5360  hypothetical protein  30.34 
 
 		 104 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3732  HxlR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 104 aa  41.2  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00142315  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1377  MarR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 122 aa  40.8  0.007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1081  HxlR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 125 aa  40.4  0.007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.124143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1397  putative transcriptional regulator  26.67 
 
 		 137 aa  40  0.01  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000300955  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>