70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0428 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0428  ribulose-bisphosphate carboxylase  100 
 
 		 116 aa  246  9e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2837  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  75 
 
 		 118 aa  185  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2661  Ribulose-bisphosphate carboxylase  69.64 
 
 		 118 aa  183  5e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3052  ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit  69.64 
 
 		 118 aa  183  5e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2744  ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit  71.43 
 
 		 118 aa  181  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1045  ribulose-bisphosphate carboxylase  69.64 
 
 		 119 aa  180  5.0000000000000004e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.497714  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2623  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  68.75 
 
 		 118 aa  177  4e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4064  hypothetical protein  68.42 
 
 		 117 aa  176  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.273797 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1500  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  71.43 
 
 		 118 aa  174  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149089  normal  0.0217112 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1548  ribulose-bisphosphate carboxylase  66.07 
 
 		 120 aa  169  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.325289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1690  ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit  59.82 
 
 		 110 aa  149  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1388  Ribulose-bisphosphate carboxylase  58.93 
 
 		 110 aa  146  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3202  Ribulose-bisphosphate carboxylase  61.54 
 
 		 110 aa  144  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0716694  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0859  Ribulose-bisphosphate carboxylase  60.4 
 
 		 110 aa  140  7e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0120  Ribulose-bisphosphate carboxylase  58.42 
 
 		 112 aa  139  9.999999999999999e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.655926  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2642  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  57 
 
 		 113 aa  139  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0921  Ribulose-bisphosphate carboxylase  54.87 
 
 		 110 aa  132  1.9999999999999998e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0839  ribulose-bisphosphate carboxylase  58.95 
 
 		 114 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1986  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  51.75 
 
 		 108 aa  124  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4333  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  50.88 
 
 		 108 aa  123  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0753  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  47.27 
 
 		 113 aa  118  1.9999999999999998e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05771  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  48.18 
 
 		 113 aa  119  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0551  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  48.18 
 
 		 113 aa  118  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06151  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  48.18 
 
 		 113 aa  118  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06071  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  48.18 
 
 		 113 aa  118  3e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08091  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  47.27 
 
 		 113 aa  117  4.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1880  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  46.36 
 
 		 113 aa  116  9e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06051  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  46.36 
 
 		 113 aa  116  9e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.420174 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05531  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  46.36 
 
 		 113 aa  115  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1613  ribulose-bisphosphate carboxylase  45.45 
 
 		 113 aa  116  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.00704522  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4408  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  43.56 
 
 		 111 aa  103  9e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1604  Ribulose-bisphosphate carboxylase  41.58 
 
 		 111 aa  103  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1630  Ribulose-bisphosphate carboxylase  41.58 
 
 		 111 aa  103  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.657757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3905  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  42.57 
 
 		 109 aa  102  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3420  Ribulose-bisphosphate carboxylase  42.57 
 
 		 114 aa  98.6  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.701353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1365  Ribulose-bisphosphate carboxylase  41.58 
 
 		 111 aa  96.7  8e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2151  ribulose-bisphosphate carboxylase  41.58 
 
 		 109 aa  94.7  3e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_89572  predicted protein  34.78 
 
 		 177 aa  95.1  3e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1427  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  41.58 
 
 		 111 aa  95.1  3e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28400  predicted protein  37.72 
 
 		 169 aa  92.4  2e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_42060  predicted protein  37.61 
 
 		 134 aa  92.4  2e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1917  ribulose-bisphosphate carboxylase  43.21 
 
 		 133 aa  84.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.820479 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1656  Ribulose-bisphosphate carboxylase  46.25 
 
 		 141 aa  84  6e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.892642  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3925  ribulose-bisphosphate carboxylase  43.75 
 
 		 129 aa  81.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2711  ribulose-bisphosphate carboxylase  37.08 
 
 		 129 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.871841 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1281  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  38.2 
 
 		 129 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.580875  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2940  ribulose-bisphosphate carboxylase  38.2 
 
 		 129 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1196  Ribulose-bisphosphate carboxylase  45.68 
 
 		 139 aa  79.3  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0126915 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2452  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  39.51 
 
 		 142 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.208776 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2783  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  39.13 
 
 		 139 aa  77.4  0.00000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0825  ribulose-bisphosphate carboxylase  36.46 
 
 		 142 aa  77  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6496  ribulose-bisphosphate carboxylase  35.35 
 
 		 153 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0949292 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1700  ribulose-bisphosphate carboxylase  41.25 
 
 		 129 aa  75.9  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.211216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3721  ribulose-bisphosphate carboxylase  43.21 
 
 		 141 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.174277  hitchhiker  0.00159436 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1328  ribulose-bisphosphate carboxylase  42.5 
 
 		 141 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292967  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0452  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  39.51 
 
 		 139 aa  74.3  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.101113 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1748  Ribulose-bisphosphate carboxylase  40.74 
 
 		 140 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3254  hypothetical protein  34.38 
 
 		 140 aa  73.6  0.0000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.792677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3963  ribulose-bisphosphate carboxylase form I small subunit CbbS  40.74 
 
 		 140 aa  73.6  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.946832  normal  0.145811 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3750  ribulose-bisphosphate carboxylase  40 
 
 		 141 aa  73.2  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.516421  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4050  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  40 
 
 		 141 aa  73.2  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.184894  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6396  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  38.75 
 
 		 139 aa  70.9  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0957132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2928  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  38.27 
 
 		 141 aa  70.9  0.000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.738277 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3031  Ribulose-bisphosphate carboxylase  33.33 
 
 		 139 aa  70.1  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00369649  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0332  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.58 
 
 		 145 aa  67.4  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000025723  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0685  ribulose-bisphosphate carboxylase  35 
 
 		 144 aa  67  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.290426  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1479  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  31.52 
 
 		 147 aa  66.2  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.537433 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1624  Carbonate dehydratase  29.41 
 
 		 666 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1599  Carbonate dehydratase  29.41 
 
 		 666 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1423  carbonate dehydratase  22.94 
 
 		 539 aa  40  0.01  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0536708  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>