43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-His-1 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-His-1  tRNA-His  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000011209  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0035  tRNA-His  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000246336  normal  0.0312371 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  87.84 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  87.84 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0010  tRNA-His  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0018  tRNA-His  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338609  normal  0.373467 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0022  tRNA-His  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06590  tRNA-His  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.435394 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tHis01  tRNA-His  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000397081  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0043  tRNA-His  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0041  tRNA-His  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.137953 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0788  tRNA-His  89.36 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.611877  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0031  tRNA-His  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.110358 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0683  tRNA-His  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.684611  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0029  tRNA-His  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.499357  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0087  tRNA-His  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0015  tRNA-His  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000558308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0049  tRNA-His  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0022  tRNA-His  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0017  tRNA-His  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000374304  hitchhiker  0.000000156779 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0070  tRNA-His  88.64 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0203804  normal  0.914236 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0053  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.443349 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0052  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0296253  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0042  tRNA-His  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0022  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0082  tRNA-His  83.78 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000305827  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-His-1  tRNA-His  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505753  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02876  tRNA-His  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0313769  normal  0.542312 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0033  tRNA-His  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000111459  hitchhiker  0.00510408 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0186  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0069  tRNA-His  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000556793  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0024  tRNA-His  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441767  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0144  tRNA-His  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00158556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0037  tRNA-His  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0014  tRNA-His  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.808445  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0008  tRNA-His  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.958243  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2558  tRNA-His  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000105992  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2560  tRNA-His  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615036  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0048  tRNA-His  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000560154  hitchhiker  0.0000786314 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0017  tRNA-His  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.547674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0031  tRNA-His  85.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00000176121  normal  0.0395456 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>