125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4093 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4093  colicin V production protein  100 
 
 		 189 aa  367  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.799722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1805  colicin V production protein  45.99 
 
 		 178 aa  144  6e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1955  colicin V production protein  45.73 
 
 		 184 aa  110  8.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0487  CvpA protein  31.45 
 
 		 187 aa  82.4  0.000000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.457709  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3486  colicin V production protein  34.81 
 
 		 232 aa  75.5  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692742 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1553  colicin V production protein  29.9 
 
 		 189 aa  71.6  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0745627  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0454  putative colicin V production protein  29.03 
 
 		 192 aa  71.6  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0414  Colicin V production protein  27.57 
 
 		 204 aa  71.2  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.728843 
 
 
-
 
NC_004310  BR0448  colicin V production protein, putative  29.03 
 
 		 192 aa  71.2  0.000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0405  colicin V production protein  31.21 
 
 		 236 aa  66.6  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2996  colicin V production protein  28.42 
 
 		 210 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.581672 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2310  colicin V production protein  27.62 
 
 		 191 aa  66.2  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.530108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0728  colicin V production protein  28.21 
 
 		 214 aa  65.5  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.980387  normal  0.959798 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0561  colicin V production protein  30.57 
 
 		 191 aa  65.1  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.245346  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3500  Colicin V production protein  27.89 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2453  colicin V production protein  30.63 
 
 		 208 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.921002 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1500  colicin V production protein  28.57 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2401  colicin V production protein  26.62 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2292  colicin V production protein  30.57 
 
 		 238 aa  62  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2016  colicin V production protein  26.83 
 
 		 210 aa  61.6  0.000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.535943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2283  colicin V production protein  29.19 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0404  colicin V production protein  30.33 
 
 		 187 aa  60.8  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1977  colicin V production transmembrane protein  30.52 
 
 		 165 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3788  putative colicin V production protein, cvpA-like (dedE protein) (Pur regulon 18 kDa protein)  28.42 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0984  colicin V production protein  27.22 
 
 		 195 aa  58.9  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.769176  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1807  Colicin V production protein  30.52 
 
 		 165 aa  58.5  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3799  colicin V production protein  28.66 
 
 		 160 aa  58.2  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2879  Colicin V production protein  30.82 
 
 		 182 aa  57.4  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.999004  normal  0.111961 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2152  colicin V production protein  36.97 
 
 		 165 aa  56.2  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.925685  normal  0.157314 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3933  colicin V production protein  26.34 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.838461  normal  0.0661094 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4301  Colicin V production protein  26.34 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.678611  normal  0.0583187 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2503  colicin V production protein  28.66 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2712  colicin V production protein  28.57 
 
 		 170 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.240429  normal  0.143429 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1999  colicin V production protein  26.37 
 
 		 185 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.148494  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3760  Colicin V production protein  31.33 
 
 		 161 aa  54.3  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0367363  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4630  Colicin V production protein  24.29 
 
 		 198 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.202655  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1693  colicin V production protein  31.82 
 
 		 163 aa  54.3  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.339173 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1206  colicin V production protein  31.9 
 
 		 214 aa  54.3  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3762  colicin V production protein  26.37 
 
 		 185 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1533  colicin V production protein  27.56 
 
 		 185 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2300  colicin V production protein  34.51 
 
 		 171 aa  53.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.113958  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1560  colicin V production protein  25.13 
 
 		 185 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.328677  normal  0.213335 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0900  colicin V production protein  34.75 
 
 		 217 aa  53.5  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2461  colicin V production protein  30 
 
 		 165 aa  52.8  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.400499  normal  0.228634 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1091  colicin V production protein  29.68 
 
 		 161 aa  52.8  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.527466 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4616  colicin V production protein  32.5 
 
 		 164 aa  52.4  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.186008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2598  colicin V production protein  26.55 
 
 		 198 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.402841  normal  0.0450921 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4408  Colicin V production protein  25.27 
 
 		 198 aa  52  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2073  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component  25.85 
 
 		 168 aa  51.2  0.000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.576692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1144  CvpA family protein  26.74 
 
 		 191 aa  50.4  0.00001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.111431  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1024  colicin V production protein  34.29 
 
 		 195 aa  50.8  0.00001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1973  CvpA family protein  32.77 
 
 		 155 aa  50.1  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1606  colicin V production protein  33.99 
 
 		 161 aa  50.1  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1188  Colicin V production protein  26.67 
 
 		 208 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1785  colicin V production protein  36.5 
 
 		 207 aa  49.7  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.170102 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34160  Colicin V production protein  30.91 
 
 		 170 aa  50.1  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2303  colicin V production protein  31.25 
 
 		 162 aa  50.4  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2047  colicin V production protein  28.19 
 
 		 177 aa  50.1  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0960  colicin V production protein  36.54 
 
 		 184 aa  49.3  0.00003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0660005  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1051  colicin V production protein  36.54 
 
 		 184 aa  49.3  0.00003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3895  colicin V production protein  28.85 
 
 		 202 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.507461  normal  0.187677 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1667  colicin V production protein  26.09 
 
 		 195 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3812  cvpA family protein  26.09 
 
 		 195 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1901  colicin V production protein  28.57 
 
 		 186 aa  48.5  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1043  Colicin V production protein  26 
 
 		 206 aa  48.5  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2119  colicin V production protein  34.55 
 
 		 164 aa  48.5  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.73318  normal  0.0950051 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4403  colicin V production protein  33.64 
 
 		 164 aa  48.5  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.454399  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3964  colicin V production protein  33.64 
 
 		 164 aa  48.5  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0264  colicin V production protein  29.9 
 
 		 216 aa  48.5  0.00006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3940  colicin V production protein  27.27 
 
 		 203 aa  48.5  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3564  colicin V production protein  33.64 
 
 		 164 aa  48.5  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1655  colicin V production protein  28.39 
 
 		 162 aa  48.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00513231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2981  colicin V production protein  27.21 
 
 		 162 aa  47.8  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259461  normal  0.577017 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2147  colicin V production protein  29.25 
 
 		 162 aa  46.6  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.936952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2131  Colicin V production protein  29.87 
 
 		 165 aa  47  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.519275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0356  Colicin V production protein  29.69 
 
 		 169 aa  45.8  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1277  Colicin V production protein  31.82 
 
 		 414 aa  45.8  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0524  bacteriocin production protein  26.35 
 
 		 163 aa  46.2  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00361211  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1620  colicin V production protein  26.09 
 
 		 162 aa  46.2  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1398  colicin V production protein  31.93 
 
 		 162 aa  45.8  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1966  colicin V production protein  24.66 
 
 		 166 aa  45.8  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.530952 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0223  CvpA family protein  27.22 
 
 		 206 aa  45.8  0.0004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.903437  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4770  colicin V production protein  26.83 
 
 		 163 aa  45.8  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161022 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1044  Colicin V production protein  30.37 
 
 		 188 aa  45.8  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.572812 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23900  hypothetical protein  26.09 
 
 		 180 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00157781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2024  hypothetical protein  26.23 
 
 		 184 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0841  CvpA family protein  26.23 
 
 		 223 aa  44.3  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.697503  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1329  Colicin V production protein  26.2 
 
 		 192 aa  44.7  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0804105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3354  colicin V production protein  30.91 
 
 		 164 aa  44.3  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0663199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1154  Colicin V production protein  28.66 
 
 		 162 aa  44.3  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.418061  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3859  colicin V production protein  30.91 
 
 		 164 aa  44.3  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1079  colicin V production protein (protein DedE)  26.38 
 
 		 163 aa  43.5  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2875  putative bacteriocin production related protein  32.76 
 
 		 164 aa  43.5  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1489  colicin V production protein  29.91 
 
 		 166 aa  43.1  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000231949  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1429  colicin V production protein  31.09 
 
 		 162 aa  43.1  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.550584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2737  colicin V production protein  33.98 
 
 		 162 aa  43.5  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1620  Colicin V production protein  24.69 
 
 		 162 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0904729  normal  0.930325 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2739  colicin V production protein  24.69 
 
 		 162 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2227  Colicin V production protein  33.98 
 
 		 162 aa  43.5  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.630839  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2833  colicin V production protein  28.45 
 
 		 162 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.021527 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>