36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2805 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2805  hypothetical protein  100 
 
 		 150 aa  314  3e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.495523  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0093  hypothetical protein  52.05 
 
 		 206 aa  166  9e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03883  Radical enzyme activating protein  48.2 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0595  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  43.15 
 
 		 161 aa  124  4.0000000000000003e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3481  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  27.59 
 
 		 235 aa  47.8  0.00005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.326751  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1188  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  32.94 
 
 		 205 aa  47.4  0.00007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.324366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3308  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  31.43 
 
 		 246 aa  47.4  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.760643  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003978  pyruvate formate-lyase activating enzyme  32.61 
 
 		 246 aa  45.8  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1460  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  31.52 
 
 		 246 aa  44.7  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1877  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase activating protein  26.96 
 
 		 155 aa  44.7  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00366305  normal  0.0782678 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1781  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  34.48 
 
 		 193 aa  43.9  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.277436  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0885  pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme  30.34 
 
 		 293 aa  43.5  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0692  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  30.34 
 
 		 293 aa  43.5  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.104164  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2448  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  26.83 
 
 		 157 aa  42.4  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000191656 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2272  ribonucleoside-triphosphate reductase, anaerobic-like protein  26.28 
 
 		 254 aa  42.4  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.487332  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0923  hypothetical protein  32.5 
 
 		 152 aa  42.7  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00139722  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2987  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  30.95 
 
 		 208 aa  41.6  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3582  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  29.41 
 
 		 237 aa  41.6  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4659  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  29.41 
 
 		 237 aa  41.6  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0104  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  25.34 
 
 		 256 aa  41.6  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2569  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  29.41 
 
 		 229 aa  41.6  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000247399  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1688  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  30.08 
 
 		 165 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.097127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1651  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  30.08 
 
 		 165 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.74211  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2692  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  30.08 
 
 		 165 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000924954 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1072  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  28.24 
 
 		 162 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1274  radical SAM family protein  27.66 
 
 		 232 aa  41.2  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2680  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  35 
 
 		 245 aa  40.8  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.549687  normal  0.538488 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0306  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  24.51 
 
 		 239 aa  40.8  0.006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0353872 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18280  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  25.27 
 
 		 231 aa  40.8  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.726853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1666  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  28.46 
 
 		 165 aa  40.4  0.007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02430  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  28.95 
 
 		 182 aa  40.8  0.007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.289512  normal  0.345369 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3048  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  33.33 
 
 		 177 aa  40.4  0.008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1692  putative ribonucleotide reductase activating transmembrane protein  28.3 
 
 		 223 aa  40.4  0.008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.016777  normal  0.651661 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1170  pyruvate formate-lyase activating enzyme  31.11 
 
 		 235 aa  40.4  0.008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.763287  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1357  pyruvate formate-lyase activating enzyme  31.11 
 
 		 235 aa  40.4  0.008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2097  radical SAM family protein  32.95 
 
 		 264 aa  40  0.009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>