284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3511 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3511  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  100 
 
 
138 aa  293  6e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1659  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.4 
 
 
137 aa  108  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  35.88 
 
 
137 aa  104  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.88 
 
 
137 aa  104  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3405  hypothetical protein  42.73 
 
 
115 aa  101  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.580988  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.5 
 
 
135 aa  94.7  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0424  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.31 
 
 
139 aa  92.4  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155822  normal  0.516828 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.58 
 
 
137 aa  89.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267657  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2092  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.84 
 
 
147 aa  89.4  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0175411  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0451  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.58 
 
 
138 aa  88.6  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333095  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2632  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.39 
 
 
137 aa  87.8  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  38.1 
 
 
133 aa  87.4  6e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0763  hypothetical protein  30.88 
 
 
148 aa  87.4  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202538 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.07 
 
 
136 aa  86.7  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.21 
 
 
136 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.21 
 
 
136 aa  85.9  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.48 
 
 
136 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0409  hypothetical protein  35.07 
 
 
137 aa  84  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.834181  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.34 
 
 
136 aa  83.6  9e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  35.34 
 
 
136 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.34 
 
 
136 aa  82  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2827  putative lipoprotein  33.08 
 
 
139 aa  81.3  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0331828  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.21 
 
 
136 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.34 
 
 
136 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.61 
 
 
153 aa  81.3  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1655  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
130 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.290612  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.33 
 
 
130 aa  79.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.25 
 
 
139 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0078  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.09 
 
 
139 aa  78.2  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.55179 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0497  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.88 
 
 
130 aa  78.2  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4052  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.84 
 
 
130 aa  77  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4010  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.58 
 
 
130 aa  76.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2817  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.62 
 
 
130 aa  75.9  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3121  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.6 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.540481  normal  0.0305982 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06309  hypothetical protein  33.88 
 
 
133 aa  75.1  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4770  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.61 
 
 
128 aa  74.3  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.251226  normal  0.268537 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
129 aa  73.6  0.0000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2904  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.77 
 
 
140 aa  72.8  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.347392  normal  0.579092 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0707  hypothetical protein  30.77 
 
 
139 aa  73.2  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.133766 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001426  hypothetical protein  30.51 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00259614  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0334  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30 
 
 
134 aa  73.2  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0830  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.54 
 
 
137 aa  72  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4001  hypothetical protein  33.08 
 
 
130 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985025  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.13 
 
 
137 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28950  hypothetical protein  32.31 
 
 
130 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.906248  hitchhiker  0.0000303722 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.83 
 
 
144 aa  70.5  0.000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3089  hypothetical protein  30.3 
 
 
130 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1277  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
130 aa  70.1  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0151455  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.75 
 
 
162 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4168  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.41 
 
 
133 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2171  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.11 
 
 
130 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1511  hypothetical protein  31.58 
 
 
137 aa  68.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.401586  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.69 
 
 
175 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0706653  normal  0.116642 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4350  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.3 
 
 
133 aa  69.3  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.300431 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3816  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.23 
 
 
130 aa  69.3  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.496132  normal  0.533485 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0221  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.88 
 
 
135 aa  68.6  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1183  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.04 
 
 
158 aa  68.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204869  normal  0.726417 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.23 
 
 
154 aa  68.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1036  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.04 
 
 
158 aa  67.8  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0507357  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1406  hypothetical protein  29.55 
 
 
164 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.951325  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1392  hypothetical protein  35.78 
 
 
135 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1327  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.77 
 
 
130 aa  67.4  0.00000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3921  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35 
 
 
175 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1676  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.16 
 
 
138 aa  67  0.00000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0508744  hitchhiker  0.000321542 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2237  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.46 
 
 
154 aa  67  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.12 
 
 
158 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1286  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.76 
 
 
136 aa  66.2  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.792681  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1360  hypothetical protein  28.79 
 
 
164 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1446  hypothetical protein  28.79 
 
 
164 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2597  hypothetical protein  28.79 
 
 
164 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3056  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.16 
 
 
134 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00204984  hitchhiker  0.00341554 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0916  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.16 
 
 
134 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.403663 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2179  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.33 
 
 
153 aa  65.9  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.941254 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.19 
 
 
164 aa  65.1  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1236  hypothetical protein  28.79 
 
 
164 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0205  hypothetical protein  28.79 
 
 
164 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.61 
 
 
154 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1094  hypothetical protein  28.79 
 
 
164 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171827  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0478  hypothetical protein  28.79 
 
 
164 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0528952  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4618  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30 
 
 
133 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.343456 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1891  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.3 
 
 
124 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0984276 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.2 
 
 
137 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.77 
 
 
131 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4864  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.09 
 
 
147 aa  64.3  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.19 
 
 
136 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0714  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.64 
 
 
160 aa  64.3  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2637  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.03 
 
 
154 aa  64.3  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.302583  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.51 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.77 
 
 
131 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
154 aa  63.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  27.07 
 
 
129 aa  63.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0332  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.54 
 
 
213 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.989164  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0575  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.68 
 
 
162 aa  63.2  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0962204  hitchhiker  0.00000348554 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.54 
 
 
136 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.39 
 
 
166 aa  62.4  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3845  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.16 
 
 
127 aa  62.4  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  33.94 
 
 
154 aa  62.8  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3850  hypothetical protein  27.27 
 
 
133 aa  62  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.54 
 
 
136 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2783  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.77 
 
 
133 aa  62.8  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0569406  hitchhiker  0.000528708 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>