More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_R0001 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_R0001  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0003  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000194068  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0078  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0084  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00074  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000415552  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0094  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168631  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5100  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169748  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5441  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000104819  hitchhiker  0.00042936 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0005  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000149688  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5033  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.631552  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03604  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03595  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0005  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00198851  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna096  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000631755  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4424  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000165207  hitchhiker  0.0000465726 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1179  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960939  hitchhiker  0.000000000000835142 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03598  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4717  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.16021e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna048  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000703931  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna100  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000040947  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00237  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4470  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000074305  hitchhiker  0.000595919 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4473  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000034435  hitchhiker  0.00000000000000876352 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna094  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000050133  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03606  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4383  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4548  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000034857  hitchhiker  0.00000000000110779 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0109  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000358604  hitchhiker  0.0022661 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2867  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000032371  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2719  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000211587  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2869  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000115507  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4505  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000183891  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4351  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000576988  normal  0.728479 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr02  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588593  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna103  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000044405  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0003  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000427431  normal  0.385023 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0001  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000737901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0001  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.486305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1579  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1614  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.614815 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2799  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000124978  normal  0.096994 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0047  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.596916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0050  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0012  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000866174  hitchhiker  0.00954127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0156  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748575  hitchhiker  0.000108427 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>