213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0018 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0059  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00206074  hitchhiker  0.00144451 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0045  tRNA-Ser  87.95 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000150485  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t038  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2240  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.247872 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0060  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000793536  hitchhiker  0.00142352 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2057  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2453  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t30  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232606  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t28  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189168  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA35  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189455  normal  0.46537 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0057  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159641  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0023  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0022  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0073  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000286061  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna125  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.714037  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0064  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.019452  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0051  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.656743  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1356  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00596474  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0082  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.338045  normal  0.030593 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0026  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  97.62 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0040  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.851223  normal  0.588712 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01622  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3166t  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.197881  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0010  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0059  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00383957  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0088  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.632299  hitchhiker  0.00150076 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R29  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.274063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0055  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0317124  normal  0.494486 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0134  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.756856  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0141  tRNA-Ser  87.14 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0042  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121503  normal  0.0171671 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0008  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.602453  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0092  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.2204  hitchhiker  0.0044365 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0007  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0166763  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1765  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.393275  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0029  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000379468  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0029  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000406905  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2089  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.835616  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>