153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3500 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3500  Colicin V production protein  100 
 
 		 211 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2996  colicin V production protein  91 
 
 		 210 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.581672 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2283  colicin V production protein  84.04 
 
 		 213 aa  358  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2453  colicin V production protein  88.15 
 
 		 208 aa  354  5e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.921002 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3788  putative colicin V production protein, cvpA-like (dedE protein) (Pur regulon 18 kDa protein)  80.66 
 
 		 208 aa  345  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2292  colicin V production protein  77.88 
 
 		 238 aa  329  2e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2016  colicin V production protein  73.93 
 
 		 210 aa  327  9e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.535943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2401  colicin V production protein  55.22 
 
 		 234 aa  224  9e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0414  Colicin V production protein  53.55 
 
 		 204 aa  191  7e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.728843 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0728  colicin V production protein  50.75 
 
 		 214 aa  188  5e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.980387  normal  0.959798 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0984  colicin V production protein  52.36 
 
 		 195 aa  186  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.769176  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2310  colicin V production protein  51.04 
 
 		 191 aa  183  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.530108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0454  putative colicin V production protein  51.61 
 
 		 192 aa  182  4.0000000000000006e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0448  colicin V production protein, putative  51.61 
 
 		 192 aa  181  6e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1500  colicin V production protein  48.44 
 
 		 199 aa  175  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4408  Colicin V production protein  50.5 
 
 		 198 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4301  Colicin V production protein  51.5 
 
 		 197 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.678611  normal  0.0583187 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3933  colicin V production protein  51.5 
 
 		 197 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.838461  normal  0.0661094 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3895  colicin V production protein  51.55 
 
 		 202 aa  168  6e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.507461  normal  0.187677 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0561  colicin V production protein  51.83 
 
 		 191 aa  164  9e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.245346  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2598  colicin V production protein  54.55 
 
 		 198 aa  153  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.402841  normal  0.0450921 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4630  Colicin V production protein  54.55 
 
 		 198 aa  153  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.202655  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0487  CvpA protein  40.44 
 
 		 187 aa  142  3e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.457709  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1188  Colicin V production protein  46.23 
 
 		 208 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1043  Colicin V production protein  45.92 
 
 		 206 aa  138  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3486  colicin V production protein  37.44 
 
 		 232 aa  117  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.692742 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0405  colicin V production protein  34.55 
 
 		 236 aa  96.7  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0488  CvpA protein  39.73 
 
 		 155 aa  88.6  6e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.888997  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0404  colicin V production protein  35.1 
 
 		 187 aa  88.6  6e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3940  colicin V production protein  32.4 
 
 		 203 aa  85.5  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1711  colicin V production protein  34.1 
 
 		 189 aa  80.9  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0296079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3329  colicin V production protein  34.62 
 
 		 166 aa  76.3  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2794  colicin V production protein  33.08 
 
 		 166 aa  72.4  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1470  colicin V production protein  33.08 
 
 		 166 aa  71.6  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1534  colicin V production protein  32.31 
 
 		 169 aa  71.6  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.452834  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0356  colicin V production protein  32.31 
 
 		 169 aa  71.6  0.000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1425  colicin V production protein  32.31 
 
 		 169 aa  71.6  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1343  Colicin V production protein  31.91 
 
 		 162 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0732005  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1373  colicin V production protein  32.31 
 
 		 163 aa  70.5  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2691  colicin V production protein  31.91 
 
 		 162 aa  70.1  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1206  colicin V production protein  30.46 
 
 		 214 aa  70.1  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4093  colicin V production protein  28.8 
 
 		 189 aa  70.1  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.799722  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02238  membrane protein required for colicin V production  31.91 
 
 		 162 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02198  hypothetical protein  31.91 
 
 		 162 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1339  colicin V production protein  31.91 
 
 		 162 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2464  colicin V production protein  31.91 
 
 		 162 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2607  colicin V production protein  31.91 
 
 		 162 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2469  colicin V production protein  31.91 
 
 		 162 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1329  Colicin V production protein  30.19 
 
 		 192 aa  69.3  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0804105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2551  colicin V production protein  31.91 
 
 		 162 aa  68.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2505  colicin V production protein  31.91 
 
 		 162 aa  68.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2605  colicin V production protein  31.91 
 
 		 162 aa  68.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.685477 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2593  colicin V production protein  31.91 
 
 		 162 aa  68.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.272788  normal  0.627447 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2714  colicin V production protein  31.91 
 
 		 162 aa  68.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2571  colicin V production protein  30.77 
 
 		 163 aa  68.6  0.00000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3453  colicin V production protein  31.91 
 
 		 162 aa  68.2  0.00000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2862  colicin V production protein  31.54 
 
 		 162 aa  67  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.488852  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2130  putative colicin V production protein  34.29 
 
 		 184 aa  67  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1785  colicin V production protein  30 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.170102 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2073  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component  29.32 
 
 		 168 aa  65.1  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.576692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2455  putative colicin V production protein, dedE  30.98 
 
 		 204 aa  65.1  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1118  colicin V production protein  30.98 
 
 		 204 aa  65.1  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.420046  normal  0.439465 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2879  Colicin V production protein  29.89 
 
 		 182 aa  64.7  0.0000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.999004  normal  0.111961 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1608  colicin V production protein  30.83 
 
 		 162 aa  64.7  0.0000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1079  colicin V production protein (protein DedE)  28.21 
 
 		 163 aa  64.3  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1533  colicin V production protein  28.74 
 
 		 185 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1063  colicin V production protein  31.52 
 
 		 194 aa  63.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.377436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3762  colicin V production protein  27.42 
 
 		 185 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2047  colicin V production protein  27.17 
 
 		 177 aa  63.5  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1999  colicin V production protein  28.74 
 
 		 185 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.148494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2461  colicin V production protein  31.29 
 
 		 165 aa  62.4  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.400499  normal  0.228634 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2303  colicin V production protein  30.94 
 
 		 162 aa  61.6  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1553  colicin V production protein  30.77 
 
 		 189 aa  61.6  0.000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0745627  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0524  bacteriocin production protein  33.33 
 
 		 163 aa  61.6  0.000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00361211  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1560  colicin V production protein  29.7 
 
 		 185 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.328677  normal  0.213335 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2981  colicin V production protein  33.09 
 
 		 162 aa  61.2  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259461  normal  0.577017 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1693  colicin V production protein  34.55 
 
 		 163 aa  60.1  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.339173 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1044  Colicin V production protein  33.76 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.572812 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1154  Colicin V production protein  31.25 
 
 		 162 aa  60.1  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.418061  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1241  colicin V production protein  26.84 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.599135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03096  hypothetical protein  33.88 
 
 		 163 aa  60.1  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0917  colicin V production protein  34.59 
 
 		 166 aa  59.3  0.00000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002878  colicin V production protein  32.23 
 
 		 163 aa  58.5  0.00000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1955  colicin V production protein  29.88 
 
 		 184 aa  58.5  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1429  colicin V production protein  34.75 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.550584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1494  colicin V production protein  34.75 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1655  colicin V production protein  34.75 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00513231  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3065  colicin V production protein  34.75 
 
 		 162 aa  58.2  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1482  colicin V production protein  34.75 
 
 		 162 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.842254 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1799  colicin V production protein  32.35 
 
 		 187 aa  57.8  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.503822  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1620  colicin V production protein  34.75 
 
 		 162 aa  57.8  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0307  CvpA family protein  23.08 
 
 		 206 aa  57.4  0.0000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.617948  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1024  colicin V production protein  26.23 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2438  colicin V production protein  33.05 
 
 		 162 aa  56.6  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1051  colicin V production protein  27.94 
 
 		 184 aa  56.2  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2503  colicin V production protein  24.88 
 
 		 207 aa  55.8  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02505  colicin V production protein  27.56 
 
 		 248 aa  56.2  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.785902  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0960  colicin V production protein  27.94 
 
 		 184 aa  56.2  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0660005  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0129  membrane protein CvpA, putative  20.41 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.058893  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2756  colicin V production protein  32.2 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>