295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_R0054 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_R0046  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 114 bp  226  9e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00731319 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0054  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 114 bp  226  9e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0163881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0059  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 114 bp  226  9e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.756267 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0022  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 102 bp  202  9.999999999999999e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0023  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 114 bp  202  9.999999999999999e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.7425 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0048  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 114 bp  202  9.999999999999999e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.926696  normal  0.0497776 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0055  5S ribosomal RNA  96.49 
 
 		 118 bp  194  3e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.433346  hitchhiker  0.00000502175 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0018  5S ribosomal RNA  96.49 
 
 		 118 bp  194  3e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0065  5S ribosomal RNA  96.49 
 
 		 118 bp  194  3e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000028653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0060  5S ribosomal RNA  96.49 
 
 		 118 bp  194  3e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.873791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0070  5S ribosomal RNA  96.49 
 
 		 118 bp  194  3e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0056  5S ribosomal RNA  96.49 
 
 		 114 bp  194  3e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0061  5S ribosomal RNA  96.49 
 
 		 114 bp  194  3e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0159471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0034  5S ribosomal RNA  89.33 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000354404  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0041  5S ribosomal RNA  89.33 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0049  5S ribosomal RNA  89.33 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.119375  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0020  5S ribosomal RNA  87.64 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.8682  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0055  5S ribosomal RNA  87.64 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.533028  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0010  5S ribosomal RNA  87.64 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0019  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000123433  hitchhiker  0.00199747 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0054  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.38637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0081  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 132 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0019  5S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0647157  hitchhiker  0.00427171 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0017  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000137691  hitchhiker  0.00185628 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0163  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000112315  hitchhiker  0.0000000360962 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0082  5S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295466  normal  0.150061 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0815  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 120 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6149  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 120 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.989968  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5399  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 120 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0966302  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0014  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0199784  hitchhiker  0.000422489 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0003  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0022  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178956 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0147  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.139148 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0136  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131567 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0160  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816321  hitchhiker  0.0000000341185 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0154  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000904892 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0010  5S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.137185  normal  0.0100238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0106  5S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0633136  hitchhiker  0.000000553763 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0095  5S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0491414  hitchhiker  0.003638 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4842  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 120 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08610  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 132 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000402546 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55620  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 132 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.431806 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62050  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 132 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0246518 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70870  5S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 132 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0141  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0138  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0132  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000272918  normal  0.0785427 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0038  5S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 119 bp  73.8  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0039  5S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 117 bp  73.8  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0048  5S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 119 bp  73.8  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147764  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0054  5S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 119 bp  73.8  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0344  5S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 119 bp  73.8  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0350  5S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 119 bp  73.8  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0561  5S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 119 bp  73.8  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0567  5S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 119 bp  73.8  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1612  5S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 119 bp  73.8  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3902  5S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 119 bp  73.8  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r003  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r006  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r009  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r010  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r013  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r016  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r019  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r022  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r025  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0003  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.530292  hitchhiker  0.00148458 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0011  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0219912  normal  0.295401 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0018  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000474552 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0075  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0121  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.777724 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0130  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.799591 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0134  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00025818  hitchhiker  0.00693749 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0138  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0141  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.232232 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0395  hypothetical protein  84.62 
 
 		 129 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000730757  normal  0.0497188 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0003  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.377147  hitchhiker  0.00225756 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0011  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00932419 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0018  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0024  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000358593  normal  0.0497188 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0028  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.966911 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0075  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0121  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0139  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0142  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0003  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95198  hitchhiker  0.000000732867 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1115r  5S ribosomal RNA  85.87 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.155986  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0018  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000011379 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0073  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.568148  normal  0.279617 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0118  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0128  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.875771 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0130a  5S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000239315  normal  0.0771518 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4192  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 120 bp  71.9  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00523056  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4196  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 120 bp  71.9  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000940838  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4282  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 120 bp  71.9  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000174776  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0131  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0232542  normal  0.0763062 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4262  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 120 bp  71.9  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0215297  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4218  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 120 bp  71.9  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00106979  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4300  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0179371  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4290  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 120 bp  71.9  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00943464  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>