174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2712 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2712  colicin V production protein  100 
 
 		 170 aa  327  6e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.240429  normal  0.143429 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3762  colicin V production protein  77.19 
 
 		 185 aa  261  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1533  colicin V production protein  78.31 
 
 		 185 aa  261  3e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1999  colicin V production protein  76.02 
 
 		 185 aa  259  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.148494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1560  colicin V production protein  76.51 
 
 		 185 aa  259  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.328677  normal  0.213335 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23900  hypothetical protein  80.47 
 
 		 180 aa  254  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00157781  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34160  Colicin V production protein  81.66 
 
 		 170 aa  253  8e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2024  hypothetical protein  80.84 
 
 		 184 aa  252  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1667  colicin V production protein  78.82 
 
 		 195 aa  250  7e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3812  cvpA family protein  78.24 
 
 		 195 aa  248  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1901  colicin V production protein  74.71 
 
 		 186 aa  223  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2073  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component  55.26 
 
 		 168 aa  166  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.576692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2047  colicin V production protein  52.67 
 
 		 177 aa  147  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1553  colicin V production protein  50 
 
 		 189 aa  144  6e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0745627  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3799  colicin V production protein  51.37 
 
 		 160 aa  139  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1966  colicin V production protein  51.02 
 
 		 166 aa  135  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.530952 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1655  colicin V production protein  52.32 
 
 		 162 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00513231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2303  colicin V production protein  52.74 
 
 		 162 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1620  colicin V production protein  52.05 
 
 		 162 aa  130  6e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2981  colicin V production protein  51.37 
 
 		 162 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259461  normal  0.577017 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2147  colicin V production protein  49.32 
 
 		 162 aa  127  9.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.936952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2571  colicin V production protein  48.34 
 
 		 163 aa  126  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02238  membrane protein required for colicin V production  52.05 
 
 		 162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3329  colicin V production protein  50.68 
 
 		 166 aa  126  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2607  colicin V production protein  52.05 
 
 		 162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2464  colicin V production protein  52.05 
 
 		 162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2469  colicin V production protein  52.05 
 
 		 162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1339  colicin V production protein  52.05 
 
 		 162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1398  colicin V production protein  48.34 
 
 		 162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02198  hypothetical protein  52.05 
 
 		 162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1343  Colicin V production protein  53.57 
 
 		 162 aa  124  7e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0732005  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2691  colicin V production protein  53.57 
 
 		 162 aa  124  7e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2862  colicin V production protein  51.37 
 
 		 162 aa  124  9e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.488852  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3065  colicin V production protein  47.68 
 
 		 162 aa  123  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2505  colicin V production protein  50 
 
 		 162 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2833  colicin V production protein  47.68 
 
 		 162 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.021527 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3453  colicin V production protein  52.05 
 
 		 162 aa  123  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1489  colicin V production protein  48.63 
 
 		 166 aa  123  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000231949  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1079  colicin V production protein (protein DedE)  44.44 
 
 		 163 aa  123  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2593  colicin V production protein  50 
 
 		 162 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.272788  normal  0.627447 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1429  colicin V production protein  47.68 
 
 		 162 aa  123  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.550584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1494  colicin V production protein  47.68 
 
 		 162 aa  123  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2714  colicin V production protein  50 
 
 		 162 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1373  colicin V production protein  50 
 
 		 163 aa  123  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2605  colicin V production protein  50 
 
 		 162 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.685477 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2551  colicin V production protein  50 
 
 		 162 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1608  colicin V production protein  48.98 
 
 		 162 aa  122  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1470  colicin V production protein  49.32 
 
 		 166 aa  122  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2438  colicin V production protein  47.68 
 
 		 162 aa  122  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1620  Colicin V production protein  48.63 
 
 		 162 aa  122  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0904729  normal  0.930325 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0356  colicin V production protein  48.63 
 
 		 169 aa  122  3e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1258  Colicin V production protein  48 
 
 		 162 aa  122  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2739  colicin V production protein  48.63 
 
 		 162 aa  122  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2756  colicin V production protein  48.63 
 
 		 162 aa  122  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1534  colicin V production protein  48.63 
 
 		 169 aa  122  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.452834  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1425  colicin V production protein  48.63 
 
 		 169 aa  122  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2794  colicin V production protein  49.32 
 
 		 166 aa  121  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1482  colicin V production protein  47.95 
 
 		 162 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.842254 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002878  colicin V production protein  48.23 
 
 		 163 aa  117  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03096  hypothetical protein  48.23 
 
 		 163 aa  117  7e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1154  Colicin V production protein  47.22 
 
 		 162 aa  117  9e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.418061  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0524  bacteriocin production protein  48.94 
 
 		 163 aa  115  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00361211  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2490  CvpA family protein  45.33 
 
 		 177 aa  114  6e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.904842  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0917  colicin V production protein  48.82 
 
 		 166 aa  112  2.0000000000000002e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1329  Colicin V production protein  41.5 
 
 		 192 aa  110  9e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0804105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1241  colicin V production protein  42.03 
 
 		 197 aa  103  9e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.599135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1672  colicin V production protein  43.05 
 
 		 163 aa  102  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1051  colicin V production protein  43.15 
 
 		 184 aa  94.7  5e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0960  colicin V production protein  43.15 
 
 		 184 aa  94.7  5e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0660005  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1298  hypothetical protein  39.16 
 
 		 177 aa  93.2  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1297  hypothetical protein  39.16 
 
 		 177 aa  92.8  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1799  colicin V production protein  47.1 
 
 		 187 aa  92.8  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.503822  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2461  colicin V production protein  33.33 
 
 		 165 aa  89  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.400499  normal  0.228634 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0367  CvpA family protein  35.81 
 
 		 161 aa  87  1e-16  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.202665  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1807  Colicin V production protein  33.55 
 
 		 165 aa  86.7  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1266  colicin V production protein  38.99 
 
 		 198 aa  85.5  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.488094  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2065  CvpA family protein  38.67 
 
 		 165 aa  84.7  6e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1907  colicin V production protein  38.19 
 
 		 174 aa  84.7  6e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1723  Colicin V production protein  38.67 
 
 		 165 aa  84.7  6e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.558498  normal  0.0591031 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2300  colicin V production protein  34.87 
 
 		 171 aa  84.3  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.113958  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1044  Colicin V production protein  34.76 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.572812 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1977  colicin V production transmembrane protein  32.24 
 
 		 165 aa  82.8  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02505  colicin V production protein  33.55 
 
 		 248 aa  82.4  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.785902  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1693  colicin V production protein  37.31 
 
 		 163 aa  81.6  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.339173 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0777  colicin V production protein  39.39 
 
 		 188 aa  81.6  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136777  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2875  putative bacteriocin production related protein  35.06 
 
 		 164 aa  81.3  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4770  colicin V production protein  38.97 
 
 		 163 aa  80.1  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161022 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0875  colicin V production protein  35.29 
 
 		 163 aa  76.3  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.592724  normal  0.0357413 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4616  colicin V production protein  34.64 
 
 		 164 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.186008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2152  colicin V production protein  33.58 
 
 		 165 aa  75.5  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.925685  normal  0.157314 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2131  Colicin V production protein  33.55 
 
 		 165 aa  74.7  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.519275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0487  CvpA protein  31.94 
 
 		 187 aa  71.2  0.000000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.457709  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6836  Colicin V production protein  36.3 
 
 		 164 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612916 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0404  colicin V production protein  31.72 
 
 		 187 aa  70.5  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2401  colicin V production protein  29.41 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2879  Colicin V production protein  35.71 
 
 		 182 aa  67  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.999004  normal  0.111961 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1024  colicin V production protein  30.95 
 
 		 195 aa  65.5  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0448  colicin V production protein, putative  29.44 
 
 		 192 aa  65.1  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1091  colicin V production protein  33.58 
 
 		 161 aa  65.5  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.527466 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0454  putative colicin V production protein  29.44 
 
 		 192 aa  65.1  0.0000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>