68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1700 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1700  ribulose-bisphosphate carboxylase  100 
 
 		 129 aa  273  8e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.211216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2711  ribulose-bisphosphate carboxylase  78.91 
 
 		 129 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.871841 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1328  ribulose-bisphosphate carboxylase  74.19 
 
 		 141 aa  205  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292967  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3925  ribulose-bisphosphate carboxylase  74.6 
 
 		 129 aa  205  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1748  Ribulose-bisphosphate carboxylase  74.19 
 
 		 140 aa  205  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3750  ribulose-bisphosphate carboxylase  73.39 
 
 		 141 aa  204  4e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.516421  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4050  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  73.39 
 
 		 141 aa  204  4e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.184894  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2928  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  72.58 
 
 		 141 aa  201  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.738277 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2940  ribulose-bisphosphate carboxylase  75 
 
 		 129 aa  201  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1281  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  75 
 
 		 129 aa  201  3e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.580875  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3963  ribulose-bisphosphate carboxylase form I small subunit CbbS  71.77 
 
 		 140 aa  199  9e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.946832  normal  0.145811 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3721  ribulose-bisphosphate carboxylase  71.77 
 
 		 141 aa  198  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.174277  hitchhiker  0.00159436 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0452  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  71.32 
 
 		 139 aa  197  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.101113 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6396  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  70.97 
 
 		 139 aa  194  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0957132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3031  Ribulose-bisphosphate carboxylase  68.25 
 
 		 139 aa  189  9e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00369649  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0332  ribulose-bisphosphate carboxylase  66.67 
 
 		 145 aa  183  8e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000025723  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0685  ribulose-bisphosphate carboxylase  64.23 
 
 		 144 aa  183  8e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.290426  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0825  ribulose-bisphosphate carboxylase  65.04 
 
 		 142 aa  183  9e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2783  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  63.49 
 
 		 139 aa  182  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1196  Ribulose-bisphosphate carboxylase  63.2 
 
 		 139 aa  178  2.9999999999999997e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0126915 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1917  ribulose-bisphosphate carboxylase  65.08 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.820479 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2452  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  64.23 
 
 		 142 aa  176  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.208776 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1656  Ribulose-bisphosphate carboxylase  59.68 
 
 		 141 aa  170  5e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.892642  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1479  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  63.11 
 
 		 147 aa  170  7.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.537433 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6496  ribulose-bisphosphate carboxylase  58.59 
 
 		 153 aa  165  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0949292 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3254  hypothetical protein  56.25 
 
 		 140 aa  144  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.792677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1604  Ribulose-bisphosphate carboxylase  40.82 
 
 		 111 aa  93.6  9e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1630  Ribulose-bisphosphate carboxylase  40.82 
 
 		 111 aa  93.6  9e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.657757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1427  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  44.79 
 
 		 111 aa  93.2  1e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3420  Ribulose-bisphosphate carboxylase  36.89 
 
 		 114 aa  89.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.701353  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2151  ribulose-bisphosphate carboxylase  36.46 
 
 		 109 aa  85.9  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1365  Ribulose-bisphosphate carboxylase  36.73 
 
 		 111 aa  85.1  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3905  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  38.54 
 
 		 109 aa  84  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4408  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  37.5 
 
 		 111 aa  83.6  9e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2744  ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit  38.89 
 
 		 118 aa  78.2  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0839  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.95 
 
 		 114 aa  76.6  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0120  Ribulose-bisphosphate carboxylase  36.46 
 
 		 112 aa  76.3  0.0000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.655926  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1548  ribulose-bisphosphate carboxylase  37.8 
 
 		 120 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.325289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28400  predicted protein  30.77 
 
 		 169 aa  76.6  0.0000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0428  ribulose-bisphosphate carboxylase  41.25 
 
 		 116 aa  75.9  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2837  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  33.33 
 
 		 118 aa  75.5  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_89572  predicted protein  32.5 
 
 		 177 aa  75.9  0.0000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0859  Ribulose-bisphosphate carboxylase  33.68 
 
 		 110 aa  75.9  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_42060  predicted protein  30 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3052  ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit  36.73 
 
 		 118 aa  74.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2661  Ribulose-bisphosphate carboxylase  36.73 
 
 		 118 aa  74.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1045  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.44 
 
 		 119 aa  73.6  0.0000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.497714  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0921  Ribulose-bisphosphate carboxylase  31.58 
 
 		 110 aa  71.6  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4064  hypothetical protein  37.8 
 
 		 117 aa  71.6  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.273797 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0551  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  36.96 
 
 		 113 aa  70.9  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06151  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  36.96 
 
 		 113 aa  70.9  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06071  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  36.96 
 
 		 113 aa  70.9  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2623  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  37.5 
 
 		 118 aa  70.1  0.000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1613  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.78 
 
 		 113 aa  70.1  0.000000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.00704522  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05771  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  35.87 
 
 		 113 aa  69.7  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1880  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  37.5 
 
 		 113 aa  69.3  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06051  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  37.5 
 
 		 113 aa  69.3  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.420174 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08091  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  34.78 
 
 		 113 aa  69.3  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0753  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  36.25 
 
 		 113 aa  68.6  0.00000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05531  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  36.25 
 
 		 113 aa  67.8  0.00000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1388  Ribulose-bisphosphate carboxylase  31.58 
 
 		 110 aa  67.8  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1986  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  31.25 
 
 		 108 aa  67.4  0.00000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1690  ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit  31.58 
 
 		 110 aa  67  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4333  ribulose bisphosphate carboxylase, small chain  31.25 
 
 		 108 aa  67  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3202  Ribulose-bisphosphate carboxylase  27.37 
 
 		 110 aa  65.1  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0716694  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2642  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  28.42 
 
 		 113 aa  64.7  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1500  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit  31.63 
 
 		 118 aa  64.3  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149089  normal  0.0217112 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1615  Carbonate dehydratase  31.03 
 
 		 650 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>