17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1093 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1093  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 280 aa  579  1e-164  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6961  XRE family transcriptional regulator  42.48 
 
 		 275 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.512084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1526  hypothetical protein  42.48 
 
 		 322 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.818031  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6303  hypothetical protein  42.48 
 
 		 322 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.519477 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0788  transcriptional regulator  32 
 
 		 270 aa  122  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2650  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 271 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00061055  normal  0.037615 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2990  hypothetical protein  32.3 
 
 		 272 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35470  hypothetical protein  31.86 
 
 		 272 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.030822  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0134  helix-turn-helix domain-containing protein  30.26 
 
 		 272 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0497  Cro/CI family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 269 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0531  Cro/CI family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 269 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.532711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0552  Cro/CI family transcriptional regulator  32 
 
 		 269 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.213682 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0540  Cro/CI family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 269 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.781184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0390  hypothetical protein  28.38 
 
 		 266 aa  82.8  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2182  putative transcriptional regulator  26.64 
 
 		 264 aa  81.6  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.293373  normal  0.188357 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4501  helix-turn-helix domain protein  23.88 
 
 		 261 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0769508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0872  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 266 aa  52.8  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.336664 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>