73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3321 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3321  amino acid-binding ACT  100 
 
 		 170 aa  344  3e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03152  ACT domain protein  50.6 
 
 		 168 aa  178  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3885  ACT domain-containing protein  38.18 
 
 		 165 aa  115  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4094  amino acid-binding ACT domain-containing protein  34.73 
 
 		 172 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0332  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.12 
 
 		 172 aa  114  7.999999999999999e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05930  ACT domain-containing regulatory protein  33.92 
 
 		 172 aa  114  8.999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000527553  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06310  ACT domain-containing protein  35.33 
 
 		 171 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183389  normal  0.204088 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0587  hypothetical protein  35.33 
 
 		 171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000555119  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0481  ACT domain protein  34.94 
 
 		 172 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000098406  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2229  amino acid-binding ACT domain protein  34.34 
 
 		 181 aa  108  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0964148 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4699  amino acid-binding ACT  35.33 
 
 		 180 aa  106  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000305264  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5182  ACT domain-containing protein  32.53 
 
 		 172 aa  105  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248291  normal  0.129275 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0385  amino acid-binding ACT domain-containing protein  34.94 
 
 		 172 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000250758  normal  0.230246 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2002  amino acid-binding ACT domain-containing protein  30.99 
 
 		 173 aa  100  8e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0357  ACT domain-containing protein  34.34 
 
 		 172 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000156308  normal  0.422502 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0383  amino acid-binding ACT domain-containing protein  34.34 
 
 		 172 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000019763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1150  cellulose-binding family II protein  32.94 
 
 		 178 aa  99.8  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4845  amino acid-binding ACT domain-containing protein  33.53 
 
 		 172 aa  99  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1273  amino acid-binding ACT domain protein  34.76 
 
 		 177 aa  98.6  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1943  amino acid-binding ACT domain-containing protein  34.91 
 
 		 175 aa  96.3  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1433  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28.83 
 
 		 166 aa  87  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2746  amino acid-binding ACT domain-containing protein  31.29 
 
 		 166 aa  85.9  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.989316  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1697  amino acid-binding ACT domain-containing protein  29.88 
 
 		 165 aa  85.1  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.54674 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3169  amino acid-binding ACT domain-containing protein  31.29 
 
 		 164 aa  84.7  6e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.765517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1500  amino acid-binding ACT domain-containing protein  30.54 
 
 		 166 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000613254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18740  glycine cleavage system regulatory protein  32.35 
 
 		 181 aa  82.4  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.960027  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2819  amino acid-binding ACT domain protein  28.22 
 
 		 166 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.198658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1565  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28.22 
 
 		 166 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.672371 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1532  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28.22 
 
 		 166 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0236669  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1537  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28.22 
 
 		 166 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1356  amino acid-binding ACT domain-containing protein  26.99 
 
 		 168 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2628  ACT domain-containing protein  28.83 
 
 		 166 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4173  formyl transferase-like  28.31 
 
 		 385 aa  79.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1722  ACT domain-containing protein  28.22 
 
 		 166 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2561  ACT domain-containing protein  28.83 
 
 		 166 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1407  ACT domain-containing protein  28.24 
 
 		 166 aa  79  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.222833  normal  0.039362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2735  ACT domain-containing protein  28.22 
 
 		 166 aa  78.2  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0869  hypothetical protein  24.55 
 
 		 170 aa  72.8  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00598997  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45408  predicted protein  28.24 
 
 		 220 aa  72  0.000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003104  glycine cleavage system regulatory protein  25.3 
 
 		 170 aa  70.9  0.000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00303201  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2585  amino acid-binding ACT  26.38 
 
 		 168 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2884  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  23.81 
 
 		 167 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2546  hypothetical protein  27.67 
 
 		 175 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.761879 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02738  hypothetical protein  25.31 
 
 		 170 aa  65.9  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3457  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  27.38 
 
 		 185 aa  58.9  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3675  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  23.46 
 
 		 167 aa  58.5  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0052  glycine cleavage system transcriptional repressor  23.7 
 
 		 179 aa  55.5  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.824677  normal  0.630988 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3434  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  24.55 
 
 		 167 aa  55.5  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2533  glycine cleavage system regulatory protein  24.42 
 
 		 179 aa  53.5  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0493  amino acid-binding ACT domain protein  30.12 
 
 		 165 aa  52.8  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3496  amino acid-binding ACT domain-containing protein  29.14 
 
 		 181 aa  52.8  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0826  amino acid-binding ACT domain protein  23.08 
 
 		 184 aa  51.6  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.892136  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3629  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  21.95 
 
 		 167 aa  51.2  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.894872  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2199  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.46 
 
 		 175 aa  50.8  0.000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0596072  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0527  amino acid-binding ACT domain protein  28 
 
 		 185 aa  50.1  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0411  amino acid-binding ACT domain protein  23.98 
 
 		 184 aa  48.9  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.404844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4386  amino acid-binding ACT domain-containing protein  26.63 
 
 		 188 aa  48.5  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.523733  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_92913  predicted protein  25.44 
 
 		 181 aa  48.5  0.00005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00941527  normal  0.3672 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3514  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.9 
 
 		 186 aa  48.1  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.160997  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4707  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.98 
 
 		 170 aa  48.1  0.00006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.4333  normal  0.012003 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3623  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  24.12 
 
 		 167 aa  45.1  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.640922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3554  amino acid-binding ACT  23.7 
 
 		 189 aa  45.4  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0217681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3969  amino acid-binding ACT domain protein  26.04 
 
 		 188 aa  44.7  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0100488  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2032  amino acid-binding ACT domain protein  29.6 
 
 		 178 aa  44.7  0.0007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0169147  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1147  PII uridylyl-transferase  42.25 
 
 		 1029 aa  44.3  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.845695  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4273  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.81 
 
 		 179 aa  43.5  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.340897  normal  0.25045 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4055  amino acid-binding ACT domain protein  24.43 
 
 		 188 aa  43.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0382  PII uridylyl-transferase  38.82 
 
 		 928 aa  42.4  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.267202 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0414  PII uridylyl-transferase  46.3 
 
 		 928 aa  42.4  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.394312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2185  PII uridylyl-transferase  48.08 
 
 		 936 aa  42.7  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00224079  normal  0.664857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0335  PII uridylyl-transferase  38.82 
 
 		 928 aa  42.4  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.636952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2479  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.42 
 
 		 183 aa  42.4  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3703  glycine cleavage system regulatory protein-like  23.12 
 
 		 183 aa  41.6  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>