47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0290 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0297  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  100 
 
 		 134 aa  278  2e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000113231  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0290  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  100 
 
 		 134 aa  278  2e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00336529  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4351  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  87.97 
 
 		 133 aa  242  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00465453  hitchhiker  0.0029379 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3641  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  84.33 
 
 		 134 aa  240  3.9999999999999997e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.230291  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3799  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  85.07 
 
 		 134 aa  240  6e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000130296  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3668  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  82.03 
 
 		 132 aa  214  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000236869  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0457  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  89.92 
 
 		 134 aa  213  9e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000584634  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1136  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  89.92 
 
 		 134 aa  213  9e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00079606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0521  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  89.92 
 
 		 134 aa  213  9e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000564363  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3707  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  80.47 
 
 		 132 aa  213  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00576241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3538  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  80.47 
 
 		 132 aa  213  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000633117  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3539  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  80.47 
 
 		 132 aa  213  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.299964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3645  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  80.47 
 
 		 132 aa  213  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3610  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  80.47 
 
 		 132 aa  213  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0205642  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0473  protein of unknown function DUF1043  80.31 
 
 		 132 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000169791  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0473  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  80.31 
 
 		 132 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0195493  normal  0.11204 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3529  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  80.31 
 
 		 132 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000414642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3543  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  80.31 
 
 		 132 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000300474  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4550  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  80.31 
 
 		 132 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000433662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03044  hypothetical protein  80.31 
 
 		 132 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00266732  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03093  hypothetical protein  80.31 
 
 		 132 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00505365  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3422  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  80.31 
 
 		 132 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000506847  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3716  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  79.53 
 
 		 132 aa  193  5.000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000830331  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0030  hypothetical protein  59.84 
 
 		 135 aa  144  4.0000000000000006e-34  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00879  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  50.39 
 
 		 147 aa  142  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004513  hypothetical protein  50.39 
 
 		 147 aa  139  9e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000444328  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0101  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  48.06 
 
 		 145 aa  134  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000504995  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2666  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  48.18 
 
 		 151 aa  123  9e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00191294  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0815  hypothetical protein  42.75 
 
 		 137 aa  109  1.0000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000735018  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1480  hypothetical protein  35.71 
 
 		 204 aa  69.3  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0881  hypothetical protein  41.03 
 
 		 207 aa  68.2  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2698  hypothetical protein  34.13 
 
 		 145 aa  62  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0925826  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0469  protein of unknown function DUF1043  31.2 
 
 		 187 aa  56.2  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2209  hypothetical protein  25.58 
 
 		 173 aa  49.7  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.12166  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2452  undecaprenyl pyrophosphate phosphatase  44.9 
 
 		 204 aa  49.3  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.633418  normal  0.137413 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0576  protein of unknown function DUF1043  31.76 
 
 		 237 aa  48.5  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3166  hypothetical protein  30 
 
 		 152 aa  48.1  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4701  hypothetical protein  26.56 
 
 		 144 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.473328  normal  0.0524823 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4415  hypothetical protein  23.58 
 
 		 145 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.436054 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1309  hypothetical protein  23.58 
 
 		 145 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4431  hypothetical protein  25 
 
 		 147 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0156474  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0916  hypothetical protein  23.58 
 
 		 145 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.302575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4125  hypothetical protein  25 
 
 		 147 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12990  hypothetical protein  25 
 
 		 147 aa  44.7  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4540  hypothetical protein  22.76 
 
 		 145 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1931  hypothetical protein  36.17 
 
 		 225 aa  43.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.206911  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0892  hypothetical protein  25.61 
 
 		 143 aa  42.4  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>