43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1309 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1309  hypothetical protein  100 
 
 		 145 aa  295  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4540  hypothetical protein  99.31 
 
 		 145 aa  294  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4415  hypothetical protein  99.31 
 
 		 145 aa  293  4e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.436054 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0916  hypothetical protein  95.86 
 
 		 145 aa  286  8e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.302575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4701  hypothetical protein  81.38 
 
 		 144 aa  244  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.473328  normal  0.0524823 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4431  hypothetical protein  77.7 
 
 		 147 aa  234  4e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0156474  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4125  hypothetical protein  77.03 
 
 		 147 aa  231  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5013  hypothetical protein  71.23 
 
 		 148 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.812952  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57690  hypothetical protein  71.23 
 
 		 148 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0892  hypothetical protein  67.59 
 
 		 143 aa  207  5e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12990  hypothetical protein  62.5 
 
 		 147 aa  196  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3166  hypothetical protein  34.56 
 
 		 152 aa  82  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2698  hypothetical protein  34.51 
 
 		 145 aa  81.3  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0925826  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0881  hypothetical protein  28.57 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0815  hypothetical protein  27.07 
 
 		 137 aa  53.9  0.0000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000735018  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3641  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  28.46 
 
 		 134 aa  51.6  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.230291  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3799  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  27.87 
 
 		 134 aa  51.2  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000130296  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0469  protein of unknown function DUF1043  35.11 
 
 		 187 aa  51.2  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4351  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  26.52 
 
 		 133 aa  51.2  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00465453  hitchhiker  0.0029379 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1480  hypothetical protein  30.97 
 
 		 204 aa  50.4  0.000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0101  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  25.64 
 
 		 145 aa  48.5  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000504995  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0576  protein of unknown function DUF1043  28.41 
 
 		 237 aa  47  0.00009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0297  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  23.58 
 
 		 134 aa  46.2  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000113231  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0290  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  23.58 
 
 		 134 aa  46.2  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00336529  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2209  hypothetical protein  30.71 
 
 		 173 aa  46.6  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.12166  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3610  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  24.24 
 
 		 132 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0205642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3645  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  24.24 
 
 		 132 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3539  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  24.24 
 
 		 132 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.299964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3538  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  24.24 
 
 		 132 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000633117  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3707  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  24.24 
 
 		 132 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00576241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3668  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  23.31 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000236869  normal  0.162694 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0473  protein of unknown function DUF1043  24.05 
 
 		 132 aa  42.7  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000169791  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3422  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  24.05 
 
 		 132 aa  42.7  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000506847  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004513  hypothetical protein  24.39 
 
 		 147 aa  43.5  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000444328  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03044  hypothetical protein  24.05 
 
 		 132 aa  42.7  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00266732  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4550  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  24.05 
 
 		 132 aa  42.7  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000433662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3543  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  24.05 
 
 		 132 aa  42.7  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000300474  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3529  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  24.05 
 
 		 132 aa  42.7  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000414642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0473  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  24.05 
 
 		 132 aa  42.7  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0195493  normal  0.11204 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00879  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  24.39 
 
 		 147 aa  43.5  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03093  hypothetical protein  24.05 
 
 		 132 aa  42.7  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00505365  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3716  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit III  24.05 
 
 		 132 aa  42.7  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000830331  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0030  hypothetical protein  24.8 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>