41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1518 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1518  putative transmembrane protein  100 
 
 		 124 aa  233  9e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.107049 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1829  membrane protein-like  55.56 
 
 		 134 aa  108  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0269276 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1669  membrane protein-like protein  55.86 
 
 		 135 aa  107  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2770  membrane protein-like protein  55 
 
 		 130 aa  107  8.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0344559 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1199  membrane protein-like protein  56.86 
 
 		 138 aa  101  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.553066  normal  0.423646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1118  membrane protein-like protein  56.86 
 
 		 138 aa  101  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1421  putative transmembrane protein  62.92 
 
 		 129 aa  100  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00663896 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2990  membrane protein-like  59.79 
 
 		 111 aa  97.8  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4967  membrane protein-like protein  53.92 
 
 		 146 aa  97.1  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1453  membrane protein-like  51.64 
 
 		 140 aa  83.6  8e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4599  membrane protein  46.94 
 
 		 130 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  0.568501 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1980  hypothetical protein  45.1 
 
 		 115 aa  77.8  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.820316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2775  hypothetical protein  50.55 
 
 		 178 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3070  transmembrane protein  40.68 
 
 		 122 aa  72  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.753585  hitchhiker  0.000683085 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3783  membrane protein-like protein  48.84 
 
 		 153 aa  72  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1557  hypothetical protein  44.55 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.72661 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1666  hypothetical protein  44.17 
 
 		 130 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.361842  hitchhiker  0.00498054 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2778  hypothetical protein  44.9 
 
 		 115 aa  65.9  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1335  membrane protein-like protein  46.43 
 
 		 129 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1454  membrane protein  46.51 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.391538  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1432  membrane protein  46.51 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0972  membrane protein  46.51 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0269392  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0981  membrane protein-like protein  34.19 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1352  hypothetical protein  50.96 
 
 		 155 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.433588  normal  0.260577 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0866  membrane protein-like protein  37.23 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.060146  normal  0.425014 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1375  membrane protein  45.24 
 
 		 130 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.743719 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0940  hypothetical protein  42.53 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1705  hypothetical protein  42.53 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1473  hypothetical protein  42.53 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1129  hypothetical protein  41 
 
 		 146 aa  62.8  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00728064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0408  hypothetical protein  42.53 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0754  hypothetical protein  42.53 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2620  hypothetical protein  41.86 
 
 		 146 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1861  membrane protein-like protein  47.22 
 
 		 136 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000159101 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1996  putative transmembrane protein  45.92 
 
 		 130 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1683  hypothetical protein  41.38 
 
 		 149 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1248  transmembrane protein  36.44 
 
 		 137 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.948754  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1577  hypothetical protein  44.23 
 
 		 141 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1747  hypothetical protein  35.85 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2386  hypothetical protein  27.78 
 
 		 146 aa  43.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0706  putative transmembrane protein  31.37 
 
 		 125 aa  42  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.445384  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>