56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1386 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1386  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0550643 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0026  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000991337  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0009  tRNA-Val  92.75 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.0000243389  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0028  tRNA-Val  94.87 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.13979  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0024  tRNA-Val  94.87 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0046  tRNA-Val  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.146675 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309267  tRNA-Val  94.87 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0016  tRNA-Val  94.87 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0013  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0014  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13860  tRNA-Val  89.09 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0312518  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0054  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.163017  normal  0.0248084 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0053  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165796  normal  0.0236662 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0055  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0679296  normal  0.0243248 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0044  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.311014  normal  0.10516 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0032  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.297766  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0033  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.417865  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07570  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.10137  normal  0.977811 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0052  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.222044  normal  0.0244207 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0031  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.453935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0030  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0032  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.44499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0027  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00767943 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0026  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00797883 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0015  tRNA-Val  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0058257  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.851542  hitchhiker  0.00348632 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0020  tRNA-Val  93.94 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0027  tRNA-Val  88.46 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000730329  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0008  tRNA-Val  88.46 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000957098  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0068  tRNA-Val  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.064456  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1385  tRNA-Val  88.46 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0561605 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16730  tRNA-Val  87.27 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251043  normal  0.0595565 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16760  tRNA-Val  87.27 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268589  normal  0.0588163 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0041  tRNA-Val  87.27 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.532077  normal  0.0646966 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0036  tRNA-Val  87.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0038  tRNA-Val  87.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0028  tRNA-Val  87.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986707 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  86.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_003295  RS03462  tRNA-Val  86.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000504437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  86.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  86.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0158  tRNA-Thr  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0033  tRNA-Val  87.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.526612  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0035  tRNA-Val  87.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.522217  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0032  tRNA-Val  87.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.463355  normal  0.0505941 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0032  tRNA-Val  86.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0031  tRNA-Val  87.27 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000451767 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0033  tRNA-Val  87.27 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000837062 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0029  tRNA-Val  87.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0028  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.278514 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0027  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0757548  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13890  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0287375  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13840  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150199  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10750  tRNA-Val  87.04 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0216656  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>