41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5885 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5885  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  100 
 
 		 405 aa  835    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29258  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1002  hypothetical protein  58.33 
 
 		 412 aa  486  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.290932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3931  hypothetical protein  55.56 
 
 		 398 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4197  hypothetical protein  55.3 
 
 		 398 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982148  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1216  signal peptide prediction  49.48 
 
 		 428 aa  406  1.0000000000000001e-112  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2912  signal peptide prediction  47.22 
 
 		 423 aa  395  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.511961 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01580  signal peptide prediction  46.94 
 
 		 427 aa  382  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3722  signal peptide prediction  46.46 
 
 		 435 aa  380  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2087  hypothetical protein  49.74 
 
 		 396 aa  360  2e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0716956 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3534  twin-arginine translocation pathway signal  38.64 
 
 		 422 aa  289  6e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5902  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  38.73 
 
 		 433 aa  288  9e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1010  twin-arginine translocation pathway signal  38.48 
 
 		 431 aa  288  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617003  hitchhiker  0.00435801 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6278  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  37.72 
 
 		 429 aa  288  1e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3337  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  37.25 
 
 		 421 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.874781  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4063  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  37.25 
 
 		 421 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.797968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1361  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  38.99 
 
 		 431 aa  286  4e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.721333  normal  0.0486797 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3269  twin-arginine translocation pathway signal  37.88 
 
 		 429 aa  286  5e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2919  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  37.72 
 
 		 432 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5257  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  38.48 
 
 		 431 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.726657 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3636  hypothetical protein  37 
 
 		 421 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2658  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  37.47 
 
 		 432 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2893  putative ABC transporter substrate-binding protein  36.43 
 
 		 429 aa  280  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4739  ABC transporter substrate-binding protein  37.92 
 
 		 426 aa  279  8e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3943  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  36.96 
 
 		 420 aa  278  1e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.627454  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2472  twin-arginine translocation pathway signal  38.46 
 
 		 433 aa  278  2e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0101  ABC transporter substrate-binding protein  36.96 
 
 		 427 aa  276  3e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0635162  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3374  ABC transporter substrate-binding protein  36.71 
 
 		 415 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0208  twin-arginine translocation pathway signal  36.2 
 
 		 435 aa  270  2.9999999999999997e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0825185 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1905  putative ABC transporter substrate-binding protein  38.52 
 
 		 421 aa  258  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7129  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  33.42 
 
 		 435 aa  233  5e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5880  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  28.42 
 
 		 437 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0997  putative substrate-binding component of ABC transporter  27.81 
 
 		 406 aa  153  5e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.88303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5836  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  29.03 
 
 		 392 aa  80.1  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174731  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1052  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  28.1 
 
 		 389 aa  78.2  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 351 aa  55.5  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  24.02 
 
 		 355 aa  50.4  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2141  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.81 
 
 		 348 aa  50.4  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.315963  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0815  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.81 
 
 		 348 aa  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4308  extracellular solute-binding protein  21.6 
 
 		 369 aa  47  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00256094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  22.77 
 
 		 360 aa  45.8  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3578  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  28.22 
 
 		 371 aa  45.4  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0540858  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>