33 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Ndas_0001  CDS  NC_014210  308  2266  1959  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_003677960  unclonable  5.05913e-06  hitchhiker  0.00770539  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_0593  CDS  NC_014210  734704  736044  1341  cell division protein FtsK/SpoIIIE  YP_003678546  unclonable  7.62932e-07  normal  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1959  CDS  NC_014210  2383054  2385186  2133  AMP-dependent synthetase and ligase  YP_003679892  unclonable  3.63453e-06  hitchhiker  7.21686e-06  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1960  CDS  NC_014210  2385427  2386074  648  two component transcriptional regulator, LuxR family  YP_003679893  unclonable  3.29107e-08  hitchhiker  3.96613e-06  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1961  CDS  NC_014210  2386026  2387360  1335  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_003679894  unclonable  3.67534e-07  hitchhiker  6.31341e-07  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1962  CDS  NC_014210  2387536  2388474  939  hypothetical protein  YP_003679895  unclonable  9.90446e-08  hitchhiker  4.70282e-07  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1963  CDS  NC_014210  2388640  2389083  444  Cell wall assembly/cell proliferation coordinating protein, KNR4  YP_003679896  unclonable  2.01512e-08  hitchhiker  4.83904e-07  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1964  CDS  NC_014210  2389104  2389763  660  peptide deformylase  YP_003679897  unclonable  4.18525e-08  hitchhiker  5.52794e-07  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1965  CDS  NC_014210  2389972  2390454  483  ribonuclease H  YP_003679898  unclonable  3.16146e-08  unclonable  2.511e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1966  CDS  NC_014210  2390508  2390975  468  transcriptional regulator, MerR family  YP_003679899  unclonable  2.97683e-08  unclonable  2.58793e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1967  CDS  NC_014210  2390980  2391690  711  ABC-type bacteriocin/lantibiotic exporter  YP_003679900  unclonable  8.02413e-08  unclonable  3.10051e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1968  CDS  NC_014210  2391946  2392932  987  protein of unknown function UCP012608  YP_003679901  unclonable  1.82349e-07  unclonable  4.14728e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1969  CDS  NC_014210  2393052  2394041  990  adenosine deaminase  YP_003679902  unclonable  1.61701e-07  unclonable  4.10528e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1970  CDS  NC_014210  2394192  2394542  351  Protein of unknown function DUF2078, membrane  YP_003679903  unclonable  3.90161e-08  unclonable  2.69402e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1971  CDS  NC_014210  2394666  2395847  1182  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_003679904  unclonable  3.29191e-07  unclonable  4.14728e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1972  CDS  NC_014210  2395844  2396497  654  two component transcriptional regulator, LuxR family  YP_003679905  unclonable  7.94288e-08  unclonable  3.32591e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1973  CDS  NC_014210  2396558  2397724  1167  aminotransferase class V  YP_003679906  hitchhiker  5.51025e-06  unclonable  4.45037e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1974  CDS  NC_014210  2397865  2398716  852  transcriptional regulator, MerR family  YP_003679907  hitchhiker  2.69645e-06  unclonable  3.67636e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1975  CDS  NC_014210  2398713  2399606  894  transglutaminase domain protein  YP_003679908  hitchhiker  2.88031e-06  unclonable  3.94362e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1976  CDS  NC_014210  2399642  2399881  240  hypothetical protein  YP_003679909  hitchhiker  4.65381e-06  unclonable  2.69402e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_1977  CDS  NC_014210  2400179  2401360  1182  monooxygenase FAD-binding protein  YP_003679910  hitchhiker  4.20901e-05  unclonable  4.4053e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_2181  CDS  NC_014210  2605453  2606172  720  rare lipoprotein A  YP_003680109  unclonable  6.83407e-08  decreased coverage  4.39992e-07  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_2182  CDS  NC_014210  2606406  2610002  3597  RecB family nuclease, putative  YP_003680110  unclonable  0.000250648  decreased coverage  2.09405e-06  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_2189  CDS  NC_014210  2616442  2617932  1491  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_003680117  unclonable  6.83339e-07  hitchhiker  0.000292513  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_2190  CDS  NC_014210  2617929  2618585  657  two component transcriptional regulator, LuxR family  YP_003680118  unclonable  6.43495e-08  hitchhiker  0.000215707  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_2191  CDS  NC_014210  2618691  2619401  711  hypothetical protein  YP_003680119  unclonable  7.70677e-08  hitchhiker  0.000224461  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_2192  CDS  NC_014210  2619457  2620203  747  alpha/beta hydrolase fold protein  YP_003680120  unclonable  9.41808e-08  hitchhiker  0.00021747  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_2193  CDS  NC_014210  2620216  2621019  804  exodeoxyribonuclease III Xth  YP_003680121  unclonable  9.41808e-08  hitchhiker  0.000239022  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_2216  CDS  NC_014210  2646157  2648019  1863  serine/threonine protein kinase  YP_003680144  unclonable  1.5062e-06  decreased coverage  1.42315e-06  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_2217  CDS  NC_014210  2648485  2649738  1254  cytochrome P450  YP_003680145  unclonable  2.07738e-07  decreased coverage  9.04548e-07  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_2218  CDS  NC_014210  2649757  2650878  1122  Endo-1,4-beta-xylanase  YP_003680146  unclonable  2.48753e-07  decreased coverage  8.5459e-07  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_2219  CDS  NC_014210  2651020  2651943  924  6-kinase  YP_003680147  unclonable  1.95606e-07  decreased coverage  8.30578e-07  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Ndas_R0070  rRNA  NC_014211  392741  395832  3092  23S ribosomal RNA    normal  unclonable  3.03857e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>