More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1244 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1244  GTP-binding protein Era  100 
 
 
329 aa  679  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.78109e-06  unclonable  1.43866e-08 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1149  GTP-binding protein Era  93.6 
 
 
335 aa  639  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.28675  normal  0.946741 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1038  GTP-binding protein Era  92.02 
 
 
330 aa  625  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00137835  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1055  GTP-binding protein Era  85.53 
 
 
331 aa  581  1e-165  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.305359  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2928  GTP-binding protein Era  81.08 
 
 
334 aa  569  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3111  GTP-binding protein Era  80.37 
 
 
338 aa  565  1e-160  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00956624  hitchhiker  0.00355255 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2929  GTP-binding protein Era  82.26 
 
 
339 aa  565  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.275755  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2847  GTP-binding protein Era  82.26 
 
 
339 aa  565  1e-160  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.410629  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1202  GTP-binding protein Era  80.37 
 
 
338 aa  564  1e-160  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0677572  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3025  GTP-binding protein Era  82.26 
 
 
339 aa  565  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.118015  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1279  GTP-binding protein Era  80.37 
 
 
338 aa  564  1e-160  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.446406  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1160  GTP-binding protein Era  80.98 
 
 
338 aa  566  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15184  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1246  GTP-binding protein Era  80.37 
 
 
338 aa  564  1e-160  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00162731  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1349  GTP-binding protein Era  81.35 
 
 
339 aa  561  1e-159  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2765  GTP-binding protein Era  79.64 
 
 
334 aa  551  1e-156  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00576917  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0881  GTP-binding protein Era  78.31 
 
 
332 aa  533  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.427391  normal  0.11596 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0641  GTP-binding protein Era  69.15 
 
 
300 aa  431  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.354328  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3148  GTP-binding protein Era  67.22 
 
 
300 aa  428  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0159525  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1239  GTP-binding protein Era  68.01 
 
 
300 aa  429  1e-119  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.680465  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2784  GTP-binding protein Era  68.01 
 
 
301 aa  425  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.731152  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3070  GTP-binding protein Era  66.67 
 
 
301 aa  421  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.129104  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1069  GTP-binding protein Era  67.68 
 
 
301 aa  424  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1190  GTP-binding protein Era  67.68 
 
 
303 aa  421  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.442285  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1137  GTP-binding protein Era  67.68 
 
 
303 aa  421  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0472293  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4121  GTP-binding protein Era  67.68 
 
 
305 aa  421  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.383616  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1205  GTP-binding protein Era  66.67 
 
 
301 aa  420  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.745594  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3612  GTP-binding protein Era  67.68 
 
 
303 aa  421  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.387158  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3053  GTP-binding protein Era  65.77 
 
 
301 aa  412  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.23462  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3668  GTP-binding protein Era  66.22 
 
 
302 aa  413  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02997  GTP-binding protein Era  66.67 
 
 
314 aa  413  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249422  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2958  GTP-binding protein Era  65.89 
 
 
301 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435183  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2823  GTP-binding protein Era  65.89 
 
 
301 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2742  GTP-binding protein Era  65.89 
 
 
301 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0288239  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2721  GTP-binding protein Era  65.22 
 
 
301 aa  406  1e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2719  GTP-binding protein Era  65.55 
 
 
301 aa  407  1e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0551516  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1111  GTP-binding protein Era  65.22 
 
 
301 aa  406  1e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02424  hypothetical protein  65.22 
 
 
301 aa  406  1e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2783  GTP-binding protein Era  65.89 
 
 
301 aa  407  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2852  GTP-binding protein Era  65.55 
 
 
301 aa  407  1e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0251331  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02460  GTP-binding protein Era  65.22 
 
 
301 aa  406  1e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2931  GTP-binding protein Era  65.55 
 
 
301 aa  407  1e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.163008  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3802  GTP-binding protein Era  65.22 
 
 
301 aa  407  1e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1102  GTP-binding protein Era  65.22 
 
 
301 aa  406  1e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0130588  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2846  GTP-binding protein Era  65.89 
 
 
301 aa  407  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.127784  normal  0.818064 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002498  GTP-binding protein Era  61.3 
 
 
320 aa  398  1e-110  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2524  GTP-binding protein Era  61.83 
 
 
321 aa  400  1e-110  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00258575  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03535  GTP-binding protein Era  60.99 
 
 
320 aa  395  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2038  GTP-binding protein Era  65.32 
 
 
324 aa  394  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.655908  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4748  GTP-binding protein Era  59.52 
 
 
302 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0521069  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54320  GTP-binding protein Era  59.52 
 
 
305 aa  352  4e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4287  GTP-binding protein Era  57.09 
 
 
300 aa  346  3e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1434  GTP-binding protein Era  57.09 
 
 
302 aa  345  6e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.810573  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4373  GTP-binding protein Era  56.03 
 
 
300 aa  345  6e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.212808 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4216  GTP-binding protein Era  56.9 
 
 
300 aa  344  1e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.305152  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1476  GTP-binding protein Era  57.24 
 
 
299 aa  343  2e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.881887  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1074  GTP-binding protein Era  55.7 
 
 
300 aa  343  3e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3950  GTP-binding protein Era  56.57 
 
 
300 aa  343  3e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1632  GTP-binding protein Era  55.56 
 
 
299 aa  342  4e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0995  GTP-binding protein Era  55.37 
 
 
300 aa  341  8e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0611001 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0735  GTP-binding protein Era  54.21 
 
 
314 aa  340  2e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.222854  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13790  GTP-binding protein Era  56.8 
 
 
300 aa  337  1e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.264209  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1247  GTP-binding protein Era  51.66 
 
 
300 aa  337  1e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.734456  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0280  GTP-binding protein Era  53.72 
 
 
301 aa  337  2e-91  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2244  GTP-binding protein Era  56.76 
 
 
305 aa  334  1e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2242  GTP-binding protein Era  57.43 
 
 
298 aa  333  2e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00709672 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1004  GTP-binding protein Era  51.7 
 
 
311 aa  331  1e-89  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0973  GTP-binding protein Era  51.7 
 
 
311 aa  330  2e-89  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1348  GTP-binding protein Era  52.7 
 
 
315 aa  325  9e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.136623  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2457  GTP-binding protein Era  53.06 
 
 
306 aa  320  1e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2311  GTP-binding protein Era  53.42 
 
 
309 aa  314  2e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254696  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0482  GTP-binding protein Era  51.36 
 
 
295 aa  313  4e-84  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1685  GTP-binding protein Era  50.68 
 
 
295 aa  307  2e-82  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2417  GTP-binding protein Era  50.82 
 
 
312 aa  306  3e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.262207 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2974  GTP-binding protein Era  51.02 
 
 
298 aa  306  3e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0899132  hitchhiker  0.00507105 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0033  GTP-binding protein Era  48.05 
 
 
305 aa  306  4e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1135  GTP-binding protein Era  50 
 
 
299 aa  305  9e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0655  GTP-binding protein Era  50 
 
 
299 aa  305  9e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4247  GTP-binding protein Era  49.67 
 
 
299 aa  304  1e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2251  GTP-binding protein Era  48.53 
 
 
311 aa  304  1e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.41102  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0651  putative GTP-binding protein  49.19 
 
 
312 aa  303  2e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.181354  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1011  GTP-binding protein Era  49.67 
 
 
299 aa  304  2e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.262432  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1008  GTP-binding protein Era  50.34 
 
 
296 aa  303  3e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.028746 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0864  GTP-binding protein Era  50.34 
 
 
296 aa  303  3e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0183856 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0597  GTP-binding protein Era  46.01 
 
 
348 aa  302  5e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117321 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2619  GTP-binding protein Era  45.76 
 
 
337 aa  300  3e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3266  GTP-binding protein Era  45.76 
 
 
337 aa  300  3e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0242334 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2169  GTP-binding protein Era  49.02 
 
 
299 aa  298  9e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0368513  normal  0.378234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1403  GTP-binding protein Era  48.83 
 
 
321 aa  298  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0368  GTP-binding protein Era  49.39 
 
 
338 aa  298  1e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0276101 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2030  GTP-binding protein Era  50.68 
 
 
294 aa  298  1e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0924182  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0334  GTP-binding protein Era  52.48 
 
 
330 aa  297  2e-79  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.94828  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2898  GTP-binding protein Era  47.71 
 
 
299 aa  296  3e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22233  normal  0.295103 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1093  GTP-binding protein Era  51.03 
 
 
287 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.324542  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1015  GTP-binding protein Era  50.69 
 
 
287 aa  296  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1086  GTP-binding protein Era  47.39 
 
 
299 aa  296  5e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1197  GTP-binding protein Era  47.97 
 
 
344 aa  295  6e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.194461  normal  0.0122322 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2816  GTP-binding protein Era  47.71 
 
 
299 aa  295  8e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.989072  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2839  GTP-binding protein Era  47.71 
 
 
299 aa  295  8e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0544  GTP-binding protein Era  47.71 
 
 
299 aa  295  8e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.439886  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2465  GTP-binding protein Era  47.71 
 
 
311 aa  295  8e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>