295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1075 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1432  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  66.86 
 
 		 519 aa  768    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.880154 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1352  nitrogenase molybdenum-iron protein subunit beta  62.62 
 
 		 511 aa  675    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.475929  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0231  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  77.65 
 
 		 519 aa  879    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.819432  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3994  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  65.13 
 
 		 512 aa  724    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1607  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  67.44 
 
 		 519 aa  783    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262136  normal  0.703776 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0090  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  77.46 
 
 		 519 aa  882    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6223  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  61.85 
 
 		 513 aa  687    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3930  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  59.73 
 
 		 512 aa  664    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.39743  normal  0.0737899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5923  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, nifK  75.92 
 
 		 519 aa  864    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4249  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  58.45 
 
 		 512 aa  645    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2366  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  60.19 
 
 		 511 aa  644    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0539  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  61.46 
 
 		 506 aa  696    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0475  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  71.92 
 
 		 520 aa  821    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5054  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  58.38 
 
 		 513 aa  651    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1012  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  60.89 
 
 		 510 aa  679    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245367  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1568  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  64.55 
 
 		 511 aa  719    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.511918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1815  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  59.73 
 
 		 511 aa  650    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.994927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0971  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  97.3 
 
 		 519 aa  1062    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1520  nitrogenase molybdenum-iron protein, beta subunit  74.76 
 
 		 519 aa  856    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.268449  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1248  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  61.66 
 
 		 506 aa  691    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.836121 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1787  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  59.73 
 
 		 511 aa  650    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4461  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  83.82 
 
 		 518 aa  937    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1467  nitrogenase, molybdenum-iron protein beta chain(NifK)  63.97 
 
 		 519 aa  744    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.261912  hitchhiker  0.00055229 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4932  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  59.23 
 
 		 510 aa  654    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1075  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  100 
 
 		 537 aa  1123    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.902597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2190  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  61.07 
 
 		 516 aa  699    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0387614  normal  0.12949 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4138  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  59.62 
 
 		 512 aa  638    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.453924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1238  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  74.76 
 
 		 519 aa  856    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.028424 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5099  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  91.71 
 
 		 519 aa  1012    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3630  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  76.88 
 
 		 519 aa  870    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154092 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7755  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  65.13 
 
 		 519 aa  748    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2118  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  58.19 
 
 		 511 aa  636    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0200867 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3536  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  63.78 
 
 		 512 aa  723    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2343  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  65.32 
 
 		 519 aa  740    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.303723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1413  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  54.44 
 
 		 522 aa  590  1e-167  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.079976 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01400  Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  53.58 
 
 		 523 aa  590  1e-167  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6879  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  52.72 
 
 		 518 aa  574  1.0000000000000001e-162  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.640197  normal  0.320804 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4486  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  52.72 
 
 		 518 aa  569  1e-161  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0272  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  49.81 
 
 		 523 aa  565  1.0000000000000001e-159  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.322626  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1200  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  49.34 
 
 		 524 aa  546  1e-154  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00251423 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0493  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  50.85 
 
 		 522 aa  542  1e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2819  nitrogenase molybdenum-iron protein, beta subunit  51.86 
 
 		 489 aa  530  1e-149  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2076  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  51.53 
 
 		 487 aa  525  1e-148  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2143  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  51.32 
 
 		 487 aa  521  1e-146  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.305963 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0648  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  51.45 
 
 		 489 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0664  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  51.87 
 
 		 489 aa  518  1.0000000000000001e-145  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.862296 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2100  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  50.74 
 
 		 487 aa  507  9.999999999999999e-143  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3205  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  50.43 
 
 		 489 aa  507  9.999999999999999e-143  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3028  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  49.38 
 
 		 489 aa  505  9.999999999999999e-143  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3469  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  51.86 
 
 		 487 aa  506  9.999999999999999e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1177  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  50.53 
 
 		 487 aa  502  1e-141  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1051  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  48.45 
 
 		 472 aa  484  1e-135  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0681  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  41.02 
 
 		 459 aa  359  7e-98  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.746204  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1248  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  40.67 
 
 		 485 aa  358  9e-98  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.36292  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2617  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  40.04 
 
 		 458 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0740  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  40.96 
 
 		 459 aa  358  9.999999999999999e-98  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3094  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  39.42 
 
 		 461 aa  357  3.9999999999999996e-97  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0838  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  39.82 
 
 		 458 aa  356  5e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0167  nitrogenase, subunit beta  38.83 
 
 		 456 aa  354  2e-96  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1953  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  40.53 
 
 		 460 aa  353  5e-96  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.119434  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1532  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  40.27 
 
 		 459 aa  352  8.999999999999999e-96  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1755  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  40.31 
 
 		 460 aa  350  3e-95  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.077468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2817  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  40.35 
 
 		 463 aa  345  8.999999999999999e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1631  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  40.53 
 
 		 460 aa  344  2e-93  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000877058  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1154  nitrogenase molybdenum-iron protein, beta subunit  38.73 
 
 		 461 aa  343  5.999999999999999e-93  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.813541  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1015  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  39.16 
 
 		 458 aa  342  1e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1027  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  39.43 
 
 		 461 aa  340  4e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.975928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0557  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  39.5 
 
 		 455 aa  329  8e-89  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0151336  normal  0.228475 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1146  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  37.56 
 
 		 455 aa  316  6e-85  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.101192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0662  nitrogenase  36.22 
 
 		 462 aa  301  1e-80  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.341539  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1799  nitrogenase  36.67 
 
 		 462 aa  301  2e-80  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0102  nitrogenase  36.44 
 
 		 462 aa  301  3e-80  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0981911  normal  0.153494 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0061  nitrogenase  37.11 
 
 		 462 aa  300  3e-80  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0664  nitrogenase  35.48 
 
 		 458 aa  296  6e-79  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.683559  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0104  nitrogenase  35.27 
 
 		 458 aa  295  2e-78  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.294919  normal  0.143181 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0147  nitrogenase  34.91 
 
 		 490 aa  292  1e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0059  nitrogenase  34.21 
 
 		 458 aa  291  2e-77  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.148206  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1797  nitrogenase  35.54 
 
 		 458 aa  291  2e-77  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.561613  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1430  nitrogenase  35.28 
 
 		 472 aa  281  2e-74  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1198  nitrogenase  34.27 
 
 		 475 aa  275  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.403437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0165  nitrogenase associated protein N  33.41 
 
 		 477 aa  272  9e-72  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4040  nitrogenase  33.26 
 
 		 475 aa  260  5.0000000000000005e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.342277  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2276  nitrogenase, subunit beta  35.76 
 
 		 461 aa  258  2e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.665587  normal  0.115682 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02590  vanadium nitrogenase beta subunit, vnfK  34.48 
 
 		 475 aa  246  8e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1551  nitrogenase, subunit K  33.63 
 
 		 462 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1152  nitrogenase molybdenum-iron protein, beta subunit, putative  31.21 
 
 		 451 aa  238  2e-61  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.680246  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48970  Fe-only nitrogenase, beta subunit  33.12 
 
 		 462 aa  237  3e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1392  nitrogenase  33.33 
 
 		 462 aa  237  5.0000000000000005e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.392625  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2613  Fe-only nitrogenase, beta subunit  31.59 
 
 		 462 aa  235  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4027  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  34.63 
 
 		 463 aa  233  7.000000000000001e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.762261 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1029  Nitrogenase  31.66 
 
 		 466 aa  228  3e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1620  Fe-only nitrogenase, beta subunit  32.18 
 
 		 461 aa  226  8e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.855819  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1757  Nitrogenase  32.68 
 
 		 457 aa  226  1e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0799606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2815  nitrogenase  31.14 
 
 		 479 aa  225  2e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4681  nitrogenase  32.32 
 
 		 462 aa  225  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0679  Nitrogenase  32.31 
 
 		 451 aa  222  1.9999999999999999e-56  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0432483  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1633  Nitrogenase  33.26 
 
 		 456 aa  221  3e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000322358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0555  Nitrogenase  29.61 
 
 		 456 aa  219  8.999999999999998e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.376218 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1955  Nitrogenase  32.01 
 
 		 450 aa  218  2e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0171503  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1534  nitrogenase  33.63 
 
 		 450 aa  218  2.9999999999999998e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.898228  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>