249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_R0063 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014211  Ndas_R0063  tRNA-Leu  100 
 
 
88 bp  174  2e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.294386  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0030  tRNA-Leu  94.12 
 
 
85 bp  129  1e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0290157  normal  0.678466 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0055  tRNA-Leu  94.19 
 
 
86 bp  123  7e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.924042  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0031  tRNA-Leu  94.12 
 
 
84 bp  121  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0989322 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0035  tRNA-Leu  91.86 
 
 
88 bp  115  2e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248446  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  93.02 
 
 
86 bp  115  2e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0037  tRNA-Leu  92.05 
 
 
87 bp  111  3e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.994208  normal  0.020013 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0045  tRNA-Leu  91.95 
 
 
89 bp  109  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259532  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0035  tRNA-Leu  91.76 
 
 
84 bp  105  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0072  tRNA-Leu  90.8 
 
 
89 bp  101  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17070  tRNA-Leu  91.95 
 
 
88 bp  101  3e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.779723 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0033  tRNA-Leu  91.86 
 
 
85 bp  99.6  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.34016  normal  0.730319 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0027  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.787126 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0036  tRNA-Leu  91.76 
 
 
83 bp  97.6  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  1.9352e-06  hitchhiker  0.000141748 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0086  tRNA-Leu  89.89 
 
 
89 bp  97.6  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0063  tRNA-Leu  90.91 
 
 
89 bp  97.6  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727445  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0027  tRNA-Leu  90.8 
 
 
88 bp  93.7  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0028  tRNA-Leu  90.8 
 
 
88 bp  93.7  7e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.380759  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0037  tRNA-Leu  89.66 
 
 
88 bp  85.7  2e-15  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0612357  normal  0.0343105 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0036  tRNA-Leu  89.66 
 
 
88 bp  85.7  2e-15  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0619619  normal  0.0360334 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0033  tRNA-Leu  90.24 
 
 
90 bp  83.8  6e-15  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.37116 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0029  tRNA-Leu  90 
 
 
89 bp  83.8  6e-15  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.711987 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13650  tRNA-Leu  88.37 
 
 
87 bp  83.8  6e-15  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00181798  normal  0.743101 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0034  tRNA-Leu  90.91 
 
 
83 bp  81.8  2e-14  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0025  tRNA-Leu  88.75 
 
 
87 bp  79.8  1e-13  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.316898  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0027  tRNA-Leu  89.66 
 
 
86 bp  77.8  4e-13  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.994542  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0024  tRNA-Leu  89.66 
 
 
86 bp  77.8  4e-13  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.7456  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14022  tRNA-Leu  87.78 
 
 
89 bp  77.8  4e-13  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0040  tRNA-Leu  89.66 
 
 
86 bp  77.8  4e-13  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00145069  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0036  tRNA-Leu  89.66 
 
 
86 bp  77.8  4e-13  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0024  tRNA-Leu  89.66 
 
 
86 bp  77.8  4e-13  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.478295  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1379  tRNA-Leu  97.83 
 
 
91 bp  75.8  2e-12  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.107567 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0030  tRNA-Leu  89.74 
 
 
85 bp  75.8  2e-12  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5232  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  8.56484e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  2.52066e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  97.56 
 
 
85 bp  73.8  6e-12  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.49408e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.64855e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.55517e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.38011e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.85537e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.41658e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  5.84186e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  5.2486e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  7.04733e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  9.6251e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4876  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  8.654e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4321  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  3.41532e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4967  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  6.70615e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4969  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  6.25029e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5234  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  9.00844e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  3.90676e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  2.25021e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  9.63852e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  5.11296e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.30562e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  1.00431e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5882  tRNA-Leu  89.04 
 
 
89 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.119438  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0081  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0210398  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00069  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000211563  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  5.7209e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21100  tRNA-Leu  89.61 
 
 
83 bp  73.8  6e-12  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.570038  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21120  tRNA-Leu  89.61 
 
 
83 bp  73.8  6e-12  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  0.20293 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  89.04 
 
 
87 bp  73.8  6e-12  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0012  tRNA-Leu  97.73 
 
 
88 bp  71.9  2e-11  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.594813  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  95.35 
 
 
85 bp  69.9  9e-11  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0074  tRNA-Leu  97.44 
 
 
85 bp  69.9  9e-11  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0058  tRNA-Leu  97.44 
 
 
85 bp  69.9  9e-11  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0066  tRNA-Leu  97.37 
 
 
85 bp  67.9  4e-10  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.421355 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0045  tRNA-Leu  97.37 
 
 
85 bp  67.9  4e-10  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0026  tRNA-Leu  97.37 
 
 
85 bp  67.9  4e-10  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00329777  normal  0.13088 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0056  tRNA-Leu  87.21 
 
 
86 bp  67.9  4e-10  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.177317  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0069  tRNA-Leu  97.37 
 
 
85 bp  67.9  4e-10  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.365522  normal  0.0296897 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0070  tRNA-Leu  97.37 
 
 
85 bp  67.9  4e-10  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.128359 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  95.24 
 
 
87 bp  67.9  4e-10  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  93.48 
 
 
87 bp  67.9  4e-10  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  65.9  1e-09  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4968  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  65.9  1e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  6.50666e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  95.12 
 
 
87 bp  65.9  1e-09  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00085  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  65.9  1e-09  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4875  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  65.9  1e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  8.98834e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0095  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  65.9  1e-09  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0436868  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  95.12 
 
 
87 bp  65.9  1e-09  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0018  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  65.9  1e-09  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0174601  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4957  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  65.9  1e-09  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4807  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  65.9  1e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  3.60062e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4962  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  65.9  1e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000175711  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  95.12 
 
 
87 bp  65.9  1e-09  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4910  tRNA-Leu  87.67 
 
 
87 bp  65.9  1e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00037453  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>