229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_5063 on replicon NC_009801
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009801  EcE24377A_5063  tRNA-Ser  100 
 
 
93 bp  184  2e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  1.88963e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3291  tRNA-Ser  100 
 
 
95 bp  184  2e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.24422e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4692  tRNA-Ser  100 
 
 
95 bp  184  2e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.17965e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 
93 bp  184  2e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  1.07168e-11  unclonable  9.62394e-09 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 
93 bp  184  2e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  1.16075e-07  hitchhiker  0.00382686 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2817  tRNA-Ser  100 
 
 
95 bp  184  2e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  2.0425e-09  hitchhiker  0.000210656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3027  tRNA-Ser  100 
 
 
95 bp  184  2e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  8.38388e-05  decreased coverage  6.41147e-06 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3134  tRNA-Ser  100 
 
 
95 bp  184  2e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  2.54951e-06  hitchhiker  0.00502595 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3011  tRNA-Ser  100 
 
 
95 bp  184  2e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00423056  hitchhiker  2.19403e-05 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2976  tRNA-Ser  100 
 
 
95 bp  184  2e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  2.27205e-08  decreased coverage  5.09713e-05 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0074  tRNA-Ser  100 
 
 
93 bp  184  2e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  6.41426e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2944  tRNA-Ser  100 
 
 
95 bp  184  2e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  9.34837e-11  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 
93 bp  184  2e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.35698e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00050  tRNA-Ser  100 
 
 
93 bp  184  2e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  2.06027e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3941  tRNA-Ser  100 
 
 
95 bp  184  2e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  3.07752e-08  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  95.7 
 
 
93 bp  153  9e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  95.7 
 
 
93 bp  153  9e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  95.7 
 
 
93 bp  153  9e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  95.7 
 
 
93 bp  153  9e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  6.24593e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  93.55 
 
 
95 bp  137  5e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  4.17881e-11  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  93.55 
 
 
95 bp  137  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.70003e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  93.55 
 
 
93 bp  137  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  3.79646e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  97.26 
 
 
93 bp  129  1e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3130t  tRNA-Ser  92.5 
 
 
90 bp  111  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3128t  tRNA-Ser  92.5 
 
 
90 bp  111  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  90 
 
 
93 bp  107  5e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  89.25 
 
 
93 bp  105  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.27042e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  88.17 
 
 
93 bp  97.6  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  6.54825e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  98.08 
 
 
89 bp  95.6  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  98.08 
 
 
92 bp  95.6  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  8.83231e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  98.08 
 
 
89 bp  95.6  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  98.08 
 
 
92 bp  95.6  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.35439e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer02  tRNA-Ser  88.3 
 
 
97 bp  91.7  3e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  91.78 
 
 
92 bp  89.7  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  6.44963e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  91.78 
 
 
94 bp  89.7  1e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  8.41076e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  97.87 
 
 
92 bp  85.7  2e-15  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.74136e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  89.19 
 
 
93 bp  83.8  7e-15  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  89.04 
 
 
93 bp  81.8  3e-14  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0082  tRNA-Ser  95.74 
 
 
91 bp  77.8  4e-13  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0063  tRNA-Ser  95.74 
 
 
91 bp  77.8  4e-13  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394171  normal  0.40754 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t68  tRNA-Ser  95.74 
 
 
88 bp  77.8  4e-13  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.613461  normal  0.197969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  95.74 
 
 
91 bp  77.8  4e-13  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  92.59 
 
 
93 bp  75.8  2e-12  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna9  tRNA-Ser  88.57 
 
 
93 bp  75.8  2e-12  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.475347  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0047  tRNA-Ser  88.57 
 
 
93 bp  75.8  2e-12  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00947013  normal  0.245138 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  97.56 
 
 
93 bp  73.8  6e-12  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.37453e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.91859e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  1.74054e-06  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  4.51917e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  3.25542e-05  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  6.23575e-05 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  1.40281e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  3.09112e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  3.33632e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  8.80643e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  1.17562e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.22567e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.66393e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  6.23575e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  6.55456e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  2.81026e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  97.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.38338e-06  hitchhiker  3.03397e-08 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.28867e-05  hitchhiker  1.93085e-07 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  97.56 
 
 
95 bp  73.8  6e-12  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  5.88297e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  97.56 
 
 
93 bp  73.8  6e-12  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  7.16898e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  7.21492e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  3.18313e-08  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60450  tRNA-Ser  97.56 
 
 
88 bp  73.8  6e-12  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.287736  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  7.92728e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  9.59117e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.42522e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  2.82544e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  95.56 
 
 
92 bp  73.8  6e-12  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.64961e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  95.45 
 
 
90 bp  71.9  3e-11  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  4.1967e-14  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  95.35 
 
 
93 bp  69.9  1e-10  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  95.35 
 
 
88 bp  69.9  1e-10  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  95.35 
 
 
91 bp  69.9  1e-10  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  97.44 
 
 
90 bp  69.9  1e-10  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0008  tRNA-Ser  87.14 
 
 
93 bp  67.9  4e-10  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.183333  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0117  tRNA-Ser  93.48 
 
 
93 bp  67.9  4e-10  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000725148  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0008  tRNA-Ser  87.14 
 
 
93 bp  67.9  4e-10  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  88.31 
 
 
91 bp  65.9  2e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  88.31 
 
 
91 bp  65.9  2e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  89.04 
 
 
91 bp  65.9  2e-09  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  89.04 
 
 
91 bp  65.9  2e-09  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4560  tRNA-Ser  93.18 
 
 
90 bp  63.9  6e-09  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0913747  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  93.18 
 
 
90 bp  63.9  6e-09  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0051  tRNA-Ser  93.02 
 
 
91 bp  61.9  2e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.573916  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>