28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0042 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0009  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  232  2e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00283898 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0042  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  232  2e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.312385  decreased coverage  0.0044005 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0062  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  232  2e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.677288 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_R0065  5S ribosomal RNA  99.15 
 
 		 117 bp  224  4e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0037  5S ribosomal RNA  89.55 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.824918  normal  0.016931 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0052  5S ribosomal RNA  89.55 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.306007  normal  0.0212243 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0018  5S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 120 bp  58  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0837222 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0034  5S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 120 bp  58  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.928041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3080  5S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 120 bp  58  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0388  5S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 120 bp  58  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.364559  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0055  5S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0054  5S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.732284  normal  0.149841 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0052  5S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 114 bp  52  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.790118 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0037  5S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 114 bp  52  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.141863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0007  5S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 114 bp  52  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.718025  normal  0.0200825 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna55  5S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 115 bp  50.1  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0884571  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna48  5S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 115 bp  50.1  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0243319  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0013  5S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 113 bp  50.1  0.0001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.118637  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0007  5S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 113 bp  50.1  0.0001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.951123  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0013  5S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 114 bp  50.1  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.149045  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0007  5S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 114 bp  50.1  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00219563  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0016  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 118 bp  48.1  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0007  5S ribosomal RNA  82.14 
 
 		 115 bp  48.1  0.0005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.146572  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0055  5S ribosomal RNA  82.14 
 
 		 115 bp  48.1  0.0005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0551184  normal  0.899413 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0011  5S ribosomal RNA  85.19 
 
 		 115 bp  44.1  0.008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.14902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0025  5S ribosomal RNA  85.19 
 
 		 115 bp  44.1  0.008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0031  5S ribosomal RNA  85.19 
 
 		 115 bp  44.1  0.008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0068  5S ribosomal RNA  85.19 
 
 		 115 bp  44.1  0.008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00162838  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>