12 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0052 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_R0037  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.824918  normal  0.016931 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0052  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.306007  normal  0.0212243 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0018  5S ribosomal RNA  96.04 
 
 		 120 bp  168  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0837222 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0034  5S ribosomal RNA  96.04 
 
 		 120 bp  168  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.928041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0007  5S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 114 bp  85.7  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.718025  normal  0.0200825 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0037  5S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 114 bp  85.7  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.141863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0052  5S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 114 bp  85.7  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.790118 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0009  5S ribosomal RNA  89.55 
 
 		 117 bp  77.8  0.0000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00283898 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0042  5S ribosomal RNA  89.55 
 
 		 117 bp  77.8  0.0000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.312385  decreased coverage  0.0044005 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0062  5S ribosomal RNA  89.55 
 
 		 117 bp  77.8  0.0000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.677288 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_R0065  5S ribosomal RNA  88.06 
 
 		 117 bp  69.9  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0016  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 118 bp  56  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>