58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5849 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5849  hypothetical protein  100 
 
 
268 aa  549  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00315108  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5379  hypothetical protein  73.41 
 
 
268 aa  416  1e-115  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.477329  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2449  hypothetical protein  76.42 
 
 
270 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0321  hypothetical protein  75.88 
 
 
263 aa  405  1e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0498  hypothetical protein  72.94 
 
 
264 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3512  hypothetical protein  76.13 
 
 
269 aa  385  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.635527 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0534  hypothetical protein  66.81 
 
 
267 aa  329  2e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.645229  normal  0.0111523 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3555  protein of unknown function DUF1445  62.65 
 
 
260 aa  328  5e-89  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14927  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2200  protein of unknown function DUF1445  60.16 
 
 
262 aa  318  5e-86  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0093  hypothetical protein  58.04 
 
 
270 aa  309  3e-83  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5194  hypothetical protein  58.1 
 
 
262 aa  308  5e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.633751  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01960  hypothetical protein  61.54 
 
 
256 aa  305  4e-82  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2483  hypothetical protein  59.6 
 
 
259 aa  304  9e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0307873 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5735  hypothetical protein  60.73 
 
 
251 aa  303  3e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1142  hypothetical protein  56.4 
 
 
261 aa  300  2e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.585996  normal  0.426804 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4424  hypothetical protein  59.04 
 
 
254 aa  299  4e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0369265  normal  0.270561 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0174  hypothetical protein  58.78 
 
 
279 aa  293  1e-78  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3576  hypothetical protein  56.4 
 
 
267 aa  293  2e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1597  hypothetical protein  54.96 
 
 
265 aa  292  4e-78  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22470  hypothetical protein  59.17 
 
 
261 aa  290  1e-77  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1103  hypothetical protein  53.85 
 
 
263 aa  280  1e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00199325  normal  0.0783421 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0707  protein of unknown function DUF1445  57.81 
 
 
267 aa  279  4e-74  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00164756  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1097  hypothetical protein  54.34 
 
 
271 aa  277  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00235966  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19220  hypothetical protein  55.6 
 
 
270 aa  276  2e-73  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1947  hypothetical protein  53.57 
 
 
272 aa  274  9e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.334258  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2125  hypothetical protein  54.58 
 
 
269 aa  270  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.04664  normal  0.0539112 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2409  hypothetical protein  53.33 
 
 
259 aa  268  1e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.558045  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1846  hypothetical protein  51.98 
 
 
272 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.140697  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_13975  predicted protein  53.41 
 
 
290 aa  266  3e-70  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.722114  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3621  hypothetical protein  53.01 
 
 
272 aa  266  3e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.574773 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2883  hypothetical protein  51.19 
 
 
272 aa  265  4e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.126409 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1776  hypothetical protein  51.71 
 
 
274 aa  265  7e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0657384 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1666  hypothetical protein  50.79 
 
 
271 aa  265  8e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3292  hypothetical protein  54.4 
 
 
271 aa  262  4e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3350  hypothetical protein  52.76 
 
 
271 aa  260  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.834671  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3393  hypothetical protein  49.81 
 
 
261 aa  259  4e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0256921 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2570  hypothetical protein  53.36 
 
 
266 aa  258  7e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.333865  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1435  hypothetical protein  49.2 
 
 
261 aa  258  7e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4744  hypothetical protein  51.6 
 
 
294 aa  254  1e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4977  hypothetical protein  46.74 
 
 
260 aa  254  1e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589508  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0337  protein of unknown function DUF1445  47.43 
 
 
255 aa  251  1e-65  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.915447  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3459  hypothetical protein  49 
 
 
257 aa  248  5e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3152  hypothetical protein  49.8 
 
 
300 aa  248  8e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.808227  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5282  hypothetical protein  49 
 
 
257 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.393918  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5125  hypothetical protein  47.45 
 
 
260 aa  246  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.039985 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1731  hypothetical protein  46.43 
 
 
269 aa  245  6e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.22733 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1503  hypothetical protein  47.22 
 
 
276 aa  243  3e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.979061  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2576  hypothetical protein  49.16 
 
 
257 aa  242  5e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3550  hypothetical protein  49.16 
 
 
257 aa  240  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.354619  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2364  hypothetical protein  48.74 
 
 
257 aa  239  3e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3969  hypothetical protein  48.74 
 
 
257 aa  239  3e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0539312 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4813  hypothetical protein  49.18 
 
 
259 aa  235  5e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00575572 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37210  hypothetical protein  48.37 
 
 
265 aa  232  6e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00953297  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2258  hypothetical protein  45.45 
 
 
279 aa  231  8e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.761835 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3193  hypothetical protein  47.56 
 
 
265 aa  228  6e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0610  hypothetical protein  47.13 
 
 
260 aa  219  3e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006687  CNE05290  conserved hypothetical protein  44.71 
 
 
276 aa  192  4e-48  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2940  protein of unknown function DUF1445  60.61 
 
 
137 aa  125  6e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>