19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apre_0067 on replicon NC_013171
Organism: Anaerococcus prevotii DSM 20548



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013171  Apre_0067    100 
 
 
1562 bp  3096  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0954502  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1122  transporter, BCCT family protein  91.23 
 
 
1548 bp  73.8  1e-10  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  91.49 
 
 
1551 bp  61.9  5e-07  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  91.49 
 
 
1551 bp  61.9  5e-07  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  91.49 
 
 
1551 bp  61.9  5e-07  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  91.49 
 
 
1551 bp  61.9  5e-07  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  90 
 
 
1656 bp  60  2e-06  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  90.91 
 
 
1473 bp  56  3e-05  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2323  glycine betaine transporter  90.91 
 
 
1578 bp  56  3e-05  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100678  hitchhiker  0.00817837 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  88.46 
 
 
1551 bp  56  3e-05  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  5.02789e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  89.36 
 
 
1551 bp  54  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  1.13352e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  89.36 
 
 
1551 bp  54  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  8.51893e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  89.36 
 
 
1551 bp  54  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  89.36 
 
 
1551 bp  54  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  1.0169e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  89.36 
 
 
1551 bp  54  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  1.5754e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  82.72 
 
 
1941 bp  50.1  0.002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  96.55 
 
 
1629 bp  50.1  0.002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  1.08541e-06 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  93.94 
 
 
1662 bp  50.1  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  87.5 
 
 
1599 bp  48.1  0.008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>