21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1649 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1649  hypothetical protein  100 
 
 		 61 aa  124  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00359751  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3494  hypothetical protein  56.86 
 
 		 64 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000638344  unclonable  0.00000710408 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3267  hypothetical protein  57.89 
 
 		 67 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000286542  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3370  hypothetical protein  55.77 
 
 		 64 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000378314  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1966  hypothetical protein  52.63 
 
 		 67 aa  61.2  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.427154  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2562  hypothetical protein  57.69 
 
 		 64 aa  60.8  0.000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0741  hypothetical protein  50.88 
 
 		 67 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0769  hypothetical protein  50.91 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000938862 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0768  hypothetical protein  49.09 
 
 		 67 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.100263  normal  0.245457 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3615  hypothetical protein  49.09 
 
 		 67 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0550538  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2021  hypothetical protein  45.45 
 
 		 67 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0532062  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10022  Regulatory protein cro (Antirepressor)  40 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0290  regulatory protein Cro  40 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2621  hypothetical protein  51.92 
 
 		 67 aa  51.2  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000103898 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1550  Cro/CI family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 58 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000143941 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2247  hypothetical protein  36.67 
 
 		 68 aa  47  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205962  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1159  DNA-binding transcriptional regulator DicC  35.09 
 
 		 75 aa  41.2  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000630575  hitchhiker  4.7750399999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1831  DNA-binding transcriptional regulator DicC  35.09 
 
 		 75 aa  41.2  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000135979  hitchhiker  0.000000000000143689 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3168  DNA-binding transcriptional regulator DicC  35.09 
 
 		 75 aa  41.2  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000339989  hitchhiker  5.09269e-16 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1422  DNA-binding transcriptional regulator DicC  35.09 
 
 		 84 aa  41.2  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000013818  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3397  hypothetical protein  38.18 
 
 		 82 aa  40.4  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00283692  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>