35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1160 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1160  hydrogenase-1 expression HyaE  100 
 
 		 133 aa  263  7e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0717414  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1168  hydrogenase-1 expression HyaE  65.65 
 
 		 134 aa  150  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3767  hydrogenase-1 expression HyaE  55.04 
 
 		 133 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.996244 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2001  hydrogenase expression/formation  49.14 
 
 		 148 aa  97.8  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0851794  normal  0.881912 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50540  hydrogenase expression/formation protein, HoxO  50.57 
 
 		 148 aa  83.6  8e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0130236  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2820  hypothetical protein  40.57 
 
 		 170 aa  81.3  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1291  hydrogenase-1 expression HyaE  40.17 
 
 		 149 aa  79.7  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000102865  normal  0.731428 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2024  hydrogenase-1 expression HyaE  37.86 
 
 		 145 aa  71.2  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.328634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1969  hydrogenase-1 expression HyaE  38.68 
 
 		 169 aa  69.7  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0334  hydrogenase-1 expression HyaE  38.89 
 
 		 132 aa  57  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00191534  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2152  hydrogenase-1 expression HyaE  34.45 
 
 		 128 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.136695  normal  0.199969 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3370  hypothetical protein  36.79 
 
 		 125 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.485584  normal  0.945167 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0501  HupG hydrogenase expression/formation protein  33.61 
 
 		 128 aa  52.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1705  hydrogenase-1 operon protein HyaE2  28.04 
 
 		 136 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.403477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1638  hydrogenase-1 operon protein HyaE2  28.04 
 
 		 136 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3103  hydrogenase-1 expression HyaE  32.48 
 
 		 139 aa  48.9  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1802  hydrogenase-1 operon protein HyaE2  28.04 
 
 		 136 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0548296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1646  hydrogenase-1 operon protein HyaE2  28.04 
 
 		 136 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.769787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1637  hydrogenase-1 operon protein HyaE2  28.04 
 
 		 136 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.569124  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2178  hydrogenase-1 expression HyaE  32.56 
 
 		 136 aa  46.6  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112177  normal  0.189005 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1155  hydrogenase-1 expression HyaE  34.04 
 
 		 131 aa  43.9  0.0008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.585634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2339  hydrogenase-1 operon protein HyaE  31.25 
 
 		 132 aa  42.7  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7260  hydrogenase-1 expression HyaE  33.33 
 
 		 148 aa  41.6  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.352807  normal  0.532049 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1528  hydrogenase-1 operon protein HyaE  29.81 
 
 		 134 aa  41.6  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.537377  normal  0.325234 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1928  hydrogenase-1 operon protein HyaE  29.81 
 
 		 134 aa  41.6  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.788328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1344  hydrogenase-1 operon protein HyaE  29.81 
 
 		 134 aa  41.6  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2620  hydrogenase-1 operon protein HyaE  30.3 
 
 		 132 aa  41.6  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.871694  hitchhiker  0.00774525 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00986  hypothetical protein  30.3 
 
 		 132 aa  41.6  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.168201  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00979  protein involved in processing of HyaA and HyaB proteins  30.3 
 
 		 132 aa  41.6  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.158587  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1091  hydrogenase-1 operon protein HyaE  30.3 
 
 		 132 aa  41.6  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0975866  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1084  hydrogenase-1 operon protein HyaE  30.3 
 
 		 132 aa  41.6  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2668  hydrogenase-1 expression HyaE  30.3 
 
 		 132 aa  41.6  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.174346  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1988  hydrogenase-1 operon protein HyaE  30.61 
 
 		 134 aa  40.8  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2141  hydrogenase-1 operon protein HyaE  29.29 
 
 		 132 aa  40.8  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.270751  normal  0.675617 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1932  hydrogenase-1 operon protein HyaE  29.81 
 
 		 134 aa  40.4  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>