53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0913 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0913  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 100 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2469  N-6 DNA methylase  82.29 
 
 		 772 aa  123  7e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1712  N-6 DNA methylase  75 
 
 		 662 aa  119  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.857909  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2236  N-6 DNA methylase  65.43 
 
 		 528 aa  103  7e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2329  N-6 DNA methylase  57.5 
 
 		 538 aa  94.4  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2666  type I restriction-modification system specificity subunit  56.79 
 
 		 508 aa  82.8  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.289078  normal  0.157244 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0004  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  54.55 
 
 		 517 aa  79.3  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1303  N-6 DNA methylase  50.65 
 
 		 529 aa  75.1  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1221  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  63.64 
 
 		 533 aa  73.9  0.0000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0332  N-6 DNA methylase  50 
 
 		 709 aa  67  0.00000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4349  N-6 DNA methylase  46.58 
 
 		 181 aa  62.4  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3498  N-6 DNA methylase  41.77 
 
 		 694 aa  58.5  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.100632 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2453  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  35.23 
 
 		 538 aa  55.1  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.53896  normal  0.845275 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2248  N-6 DNA methylase  39.47 
 
 		 521 aa  53.9  0.0000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0522014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0005  type I restriction-modification system, M subunit  42.86 
 
 		 528 aa  52.4  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1940  N-6 DNA methylase  42.25 
 
 		 535 aa  52.4  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0625168  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2418  N-6 DNA methylase  45.31 
 
 		 525 aa  51.6  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.572428  normal  0.0719197 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3006  N-6 DNA methylase  41.33 
 
 		 520 aa  51.6  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.809429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3758  N-6 DNA methylase  35.48 
 
 		 511 aa  52  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.921564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2793  type I restriction-modification system, M subunit  45.31 
 
 		 525 aa  51.6  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1809  hypothetical protein  33.7 
 
 		 849 aa  49.3  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4777  N-6 DNA methylase  39.73 
 
 		 517 aa  48.1  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.797401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0034  N-6 DNA methylase  38.16 
 
 		 544 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966218 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2017  N-6 DNA methylase  37.33 
 
 		 517 aa  47.8  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.54323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2365  N-6 DNA methylase  39.13 
 
 		 526 aa  47.4  0.00006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.725173  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1858  N-6 DNA methylase  42.03 
 
 		 540 aa  47.4  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3915  N-6 DNA methylase  37.35 
 
 		 541 aa  47  0.00009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2789  N-6 DNA methylase  38.81 
 
 		 532 aa  46.2  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.206405 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12769  type I restriction/modification system DNA methylase hsdM  38.37 
 
 		 540 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3128  N-6 DNA methylase  36.59 
 
 		 518 aa  46.2  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.465456  decreased coverage  0.00982418 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0039  N-6 DNA methylase  36.23 
 
 		 501 aa  45.4  0.0003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.250679  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0019  N-6 DNA methylase  32.91 
 
 		 501 aa  45.1  0.0004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00151011 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3767  N-6 DNA methylase  32 
 
 		 564 aa  44.7  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4473  N-6 DNA methylase  36.25 
 
 		 567 aa  44.3  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.844286 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4240  N-6 DNA methylase  39.24 
 
 		 567 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.386659  hitchhiker  0.00142847 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2509  site-specific DNA-methyltransferase  32.18 
 
 		 540 aa  43.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.847656  normal  0.642426 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0988  N-6 DNA methylase  37.68 
 
 		 527 aa  43.5  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2908  N-6 DNA methylase  40 
 
 		 523 aa  43.5  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0224  Type I restriction-modification system, M subunit  39.13 
 
 		 519 aa  42.4  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  35.82 
 
 		 510 aa  42.7  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3148  N-6 DNA methylase  54.55 
 
 		 540 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.303766 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3380  N-6 DNA methylase  35.62 
 
 		 570 aa  42.4  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.368642  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0030  N-6 DNA methylase  72 
 
 		 495 aa  41.6  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0191758 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0022  N-6 DNA methylase  72 
 
 		 495 aa  41.6  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.204705  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1359  N-6 DNA methylase  36.49 
 
 		 529 aa  41.6  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.315285 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4931  type I restriction-modification system, M subunit  37.97 
 
 		 539 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.748503  normal  0.593383 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0286  N4/N6-methyltransferase family protein  37.5 
 
 		 569 aa  41.6  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0877  putative type I restriction-modification system, M subunit  36.49 
 
 		 529 aa  41.2  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2909  N4/N6-methyltransferase family protein  32 
 
 		 515 aa  40  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0032  N-6 DNA methylase  40 
 
 		 544 aa  40.4  0.009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.885751  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3080  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  34.44 
 
 		 549 aa  40.4  0.009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.801077 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0036  type I restriction enzyme  31.08 
 
 		 510 aa  40  0.01  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.27058  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  35.14 
 
 		 498 aa  40  0.01  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>