33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_2090 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_2090  DNA-directed RNA polymerase subunit H  100 
 
 		 75 aa  147  4e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0704  DNA-directed RNA polymerase subunit H  80 
 
 		 75 aa  127  7.000000000000001e-29  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00554556 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2320  DNA-directed RNA polymerase subunit H  78.67 
 
 		 75 aa  120  8e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.646201  hitchhiker  0.000103399 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1962  DNA-directed RNA polymerase subunit H  69.33 
 
 		 75 aa  93.6  8e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1855  RNA polymerase Rpb5  63.49 
 
 		 95 aa  93.2  1e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0032  DNA-directed RNA polymerase subunit H  52.86 
 
 		 83 aa  77.4  0.00000000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.256888  normal  0.101872 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1205  RNA polymerase Rpb5  46.25 
 
 		 84 aa  75.9  0.0000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0224955  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0287  DNA-directed RNA polymerase subunit H  51.56 
 
 		 80 aa  74.7  0.0000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0792  DNA-directed RNA polymerase subunit H  52.46 
 
 		 78 aa  67.4  0.00000000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0026  DNA-directed RNA polymerase subunit H  48.39 
 
 		 78 aa  64.7  0.0000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0350925  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0605  DNA-directed RNA polymerase subunit H  50.82 
 
 		 78 aa  63.9  0.0000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0346  RNA polymerase Rpb5  41.56 
 
 		 83 aa  63.5  0.0000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0218  DNA-directed RNA polymerase subunit H  50.82 
 
 		 78 aa  62.8  0.000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.669436  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1313  DNA-directed RNA polymerase subunit H  49.18 
 
 		 78 aa  63.2  0.000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1180  DNA-directed RNA polymerase subunit H  37.66 
 
 		 78 aa  61.2  0.000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3695  DNA-directed RNA polymerase subunit H  45.9 
 
 		 78 aa  60.1  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.534193 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1164  DNA-directed RNA polymerase subunit H  46.88 
 
 		 82 aa  59.7  0.00000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.29622 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0670  DNA-directed RNA polymerase subunit H  47.54 
 
 		 78 aa  58.5  0.00000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00752  RNA polymerase subunit (AFU_orthologue; AFUA_1G14110)  42.47 
 
 		 235 aa  57  0.00000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.92156 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2158  DNA-directed RNA polymerase subunit H  44.12 
 
 		 83 aa  56.6  0.0000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.833639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1935  DNA-directed RNA polymerase subunit H  43.75 
 
 		 83 aa  56.2  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA07710  DNA-directed RNA polymerases ii 24 kda polypeptide, putative  44.12 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0049  DNA-directed RNA polymerase subunit H  47.54 
 
 		 83 aa  54.7  0.0000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.536679 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0311  DNA-directed RNA polymerase subunit H  43.75 
 
 		 83 aa  54.3  0.0000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0297  DNA-directed RNA polymerase subunit H  43.75 
 
 		 83 aa  54.3  0.0000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25420  predicted protein  41.94 
 
 		 228 aa  54.3  0.0000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.766556  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_53602  DNA-directed RNA polymerases II 24 kDa polypeptide (RNA polymerase II subunit 5)  38.71 
 
 		 213 aa  53.5  0.000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  decreased coverage  0.0000357344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_36865  predicted protein  38.71 
 
 		 205 aa  53.5  0.000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00020104  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0108  DNA-directed RNA polymerase subunit H  45.31 
 
 		 75 aa  49.7  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.44592 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0516  RNA polymerase Rpb5  46.15 
 
 		 75 aa  45.4  0.0003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0350  RNA polymerase Rpb5  61.9 
 
 		 75 aa  44.3  0.0006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0785  DNA-directed RNA polymerase subunit H  44.64 
 
 		 75 aa  41.6  0.003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2149  RNA polymerase Rpb5  39.34 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>