23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hlac_R0043 on replicon NC_012029
Organism: Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012029  Hlac_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_R0050  tRNA-Ser  97.33 
 
 		 85 bp  125  2e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40698  normal  0.342978 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_R0050  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 83 bp  85.7  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_R0009  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 83 bp  79.8  0.0000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_R0044  tRNA-Ser  89.33 
 
 		 83 bp  71.9  0.00000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.00750594  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0012  tRNA-Ile  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00521238  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3291  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 95 bp  44.1  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.24422e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3941  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 95 bp  44.1  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000307752  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3134  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 95 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000254951  hitchhiker  0.00502595 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2944  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 95 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000934837  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2976  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 95 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000227205  decreased coverage  0.0000509713 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3011  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 95 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00423056  hitchhiker  0.0000219403 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3027  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 95 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000838388  decreased coverage  0.00000641147 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00050  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000206027  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2817  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 95 bp  44.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000020425  hitchhiker  0.000210656 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0024  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000116075  hitchhiker  0.00382686 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0031  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000107168  unclonable  0.00000000962394 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5063  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000188963  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4692  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 95 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.17965e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0074  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000641426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0021  tRNA-Gln  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.892515  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0002  tRNA-Gln  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.837764  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0020  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.35698e-17  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>