296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_R0049 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_R0034  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000354404  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0041  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0049  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.119375  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0023  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 114 bp  101  4e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.7425 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0048  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 114 bp  101  4e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.926696  normal  0.0497776 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0056  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 114 bp  101  4e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0061  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 114 bp  101  4e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0159471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0018  5S ribosomal RNA  90.67 
 
 		 118 bp  93.7  9e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0055  5S ribosomal RNA  90.67 
 
 		 118 bp  93.7  9e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.433346  hitchhiker  0.00000502175 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0060  5S ribosomal RNA  90.67 
 
 		 118 bp  93.7  9e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.873791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0065  5S ribosomal RNA  90.67 
 
 		 118 bp  93.7  9e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000028653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0070  5S ribosomal RNA  90.67 
 
 		 118 bp  93.7  9e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0052  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 122 bp  91.7  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.137017  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3109r  5S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 120 bp  85.7  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0264558  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3114r  5S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 120 bp  85.7  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3210r  5S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 121 bp  85.7  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3073r  5S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 120 bp  85.7  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000752328  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0038  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 119 bp  85.7  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0039  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 117 bp  85.7  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0048  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 119 bp  85.7  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147764  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0054  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 119 bp  85.7  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0344  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 119 bp  85.7  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0350  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 119 bp  85.7  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0561  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 119 bp  85.7  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0567  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 119 bp  85.7  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1612  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 119 bp  85.7  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3902  5S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 119 bp  85.7  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0022  5S ribosomal RNA  89.33 
 
 		 102 bp  85.7  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0046  5S ribosomal RNA  89.33 
 
 		 114 bp  85.7  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00731319 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0054  5S ribosomal RNA  89.33 
 
 		 114 bp  85.7  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0163881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0059  5S ribosomal RNA  89.33 
 
 		 114 bp  85.7  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.756267 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3186r  5S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 120 bp  85.7  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.713865  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3094r  5S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 120 bp  85.7  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3182r  5S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 120 bp  85.7  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.175468  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3139r  5S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 120 bp  85.7  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.604121  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3084r  5S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 120 bp  85.7  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000384102  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3091r  5S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 120 bp  85.7  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211097  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0022  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 122 bp  83.8  0.000000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0120854  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0018  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 122 bp  83.8  0.000000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00138845  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08610  5S ribosomal RNA  91.94 
 
 		 132 bp  83.8  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000402546 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55620  5S ribosomal RNA  91.94 
 
 		 132 bp  83.8  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.431806 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62050  5S ribosomal RNA  91.94 
 
 		 132 bp  83.8  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0246518 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70870  5S ribosomal RNA  91.94 
 
 		 132 bp  83.8  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0815  5S ribosomal RNA  91.94 
 
 		 120 bp  83.8  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4842  5S ribosomal RNA  91.94 
 
 		 120 bp  83.8  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5399  5S ribosomal RNA  91.94 
 
 		 120 bp  83.8  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0966302  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6149  5S ribosomal RNA  91.94 
 
 		 120 bp  83.8  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.989968  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0009  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 122 bp  83.8  0.000000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0303882  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0003  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 122 bp  83.8  0.000000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.491574  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0016  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0354565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0099  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0795663  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0630  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000525893  normal  0.0738312 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0131  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0232542  normal  0.0763062 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0106  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0633136  hitchhiker  0.000000553763 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0102  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.907318  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3398  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.495724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1923  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0302252  normal  0.557773 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0003  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 121 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.685817  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0007  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 121 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0013  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 121 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.84229  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0015  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 120 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.832778  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0064  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 121 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.648247  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0111  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 121 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0121  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 120 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.667113  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0128  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 121 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0104  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0033867  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3468  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.119898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0101  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.068415  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0095  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0491414  hitchhiker  0.003638 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0472  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000566634  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0082  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295466  normal  0.150061 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0103  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01129  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4192  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 120 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00523056  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4196  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 120 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000940838  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4218  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 120 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00106979  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4262  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 120 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0215297  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4282  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 120 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000174776  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4290  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 120 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00943464  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4300  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0179371  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0019  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0647157  hitchhiker  0.00427171 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0010  5S ribosomal RNA  92.98 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.137185  normal  0.0100238 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3078r  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000647094  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1115r  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.155986  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0115  5S ribosomal RNA  90.32 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0125  5S ribosomal RNA  90.32 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0061  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.488897 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3096r  5S ribosomal RNA  90.32 
 
 		 121 bp  75.8  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0012  5S ribosomal RNA  90.32 
 
 		 120 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.34851  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0038  5S ribosomal RNA  90.32 
 
 		 120 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.988118  normal  0.154283 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0070  5S ribosomal RNA  90.32 
 
 		 115 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.865708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0078  5S ribosomal RNA  90.32 
 
 		 115 bp  75.8  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0106  5S ribosomal RNA  90.32 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0105  5S ribosomal RNA  90.32 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00013  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.556754  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00016  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 120 bp  73.8  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.449613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0074  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0087  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0097  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0083  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 132 bp  73.8  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.192936 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0085  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 124 bp  73.8  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.930592  normal  0.197567 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>