55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1737 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



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Replicon accession
Locus tag
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Alignment on homolog gene
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Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1737  high-affinity nickel-transporter  100 
 
 		 360 aa  690    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.284781  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_1929  high-affinity nickel-transporter  45.58 
 
 		 314 aa  182  6e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.495072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0753  high-affinity nickel-transporter  41.34 
 
 		 318 aa  147  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0000315045  normal  0.331019 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4841  high-affinity nickel-transporter  33.13 
 
 		 390 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2905  high-affinity nickel-transporter  34.98 
 
 		 381 aa  120  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.101757 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0096  hypothetical protein  31.66 
 
 		 367 aa  119  7e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.977897  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0088  hypothetical protein  32.34 
 
 		 360 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.417064  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4543  high-affinity nickel-transporter  32.06 
 
 		 398 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.47672  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2711  high-affinity nickel-transporter  36.02 
 
 		 359 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.733355  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0860  high-affinity nickel-transporter  33.33 
 
 		 389 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3811  hypothetical protein  32.34 
 
 		 389 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.397121  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4249  high-affinity nickel-transporter  30.3 
 
 		 367 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.470943  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2775  high-affinity nickel-transporter  33.67 
 
 		 337 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3393  high-affinity nickel-transporter  31.14 
 
 		 358 aa  96.7  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0166136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1678  high-affinity nickel-transporter  35.31 
 
 		 337 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0510109  normal  0.482809 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1976  putative nickel transporter  25.29 
 
 		 319 aa  96.3  7e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3692  high-affinity nickel-transporter  30.53 
 
 		 358 aa  96.3  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1403  high-affinity nickel-transporter  35.31 
 
 		 337 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.198577  normal  0.0338124 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1753  high-affinity nickel-transporter  36.65 
 
 		 329 aa  95.9  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_1164  Ni2+-Co2+ transporter (NiCoT) family protein  28.98 
 
 		 340 aa  89.7  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000293484  n/a   
 
 
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NC_010465  YPK_1272  high-affinity nickel-transporter  28.98 
 
 		 340 aa  89.7  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000384765  n/a   
 
 
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NC_010159  YpAngola_A0439  Ni2+-Co2+ transporter (NiCoT) family protein  28.98 
 
 		 340 aa  89.7  7e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000891132  hitchhiker  0.0000143481 
 
 
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NC_010725  Mpop_1398  high-affinity nickel-transporter  32.81 
 
 		 337 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0677472  normal  0.0633291 
 
 
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NC_013889  TK90_0674  high-affinity nickel-transporter  32.27 
 
 		 372 aa  89  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986195 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0081  high-affinity nickel-transporter  30.94 
 
 		 383 aa  89.4  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.940198 
 
 
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NC_009436  Ent638_3031  high-affinity nickel-transporter  30.65 
 
 		 326 aa  84.7  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.32654  normal  1 
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_0291  high-affinity nickel-transporter  29.55 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.413944  normal  1 
 
 
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NC_009832  Spro_3631  high-affinity nickel-transporter  29.43 
 
 		 340 aa  80.5  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0473418  normal  0.881878 
 
 
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NC_009720  Xaut_0391  high-affinity nickel-transporter  30.63 
 
 		 342 aa  79.7  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.335647  normal  1 
 
 
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NC_012917  PC1_3041  high-affinity nickel-transporter  27.95 
 
 		 357 aa  79.7  0.00000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.167253  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1079  permease  26.89 
 
 		 335 aa  77.4  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0887396  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2759  high-affinity nickel-transporter  30.04 
 
 		 351 aa  77.4  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1782  high-affinity nickel-transporter  30.77 
 
 		 346 aa  76.3  0.0000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1096  high-affinity nickel-transporter  29.17 
 
 		 345 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.767185  n/a   
 
 
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NC_013421  Pecwa_1234  high-affinity nickel-transporter  27.8 
 
 		 357 aa  75.1  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
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NC_011205  SeD_A2926  high-affinity nickel-transporter  26.85 
 
 		 328 aa  74.3  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011094  SeSA_A2792  high-affinity nickel-transporter  26.85 
 
 		 328 aa  74.3  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011083  SeHA_C2813  high-affinity nickel-transporter  26.85 
 
 		 328 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.774506  normal  1 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A2751  high-affinity nickel-transporter  26.85 
 
 		 328 aa  73.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011901  Tgr7_2976  high-affinity nickel-transporter  42.65 
 
 		 342 aa  73.6  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009719  Plav_2202  high-affinity nickel-transporter  40 
 
 		 323 aa  73.2  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.132612  normal  1 
 
 
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NC_011149  SeAg_B2706  high-affinity nickel-transporter  26.51 
 
 		 328 aa  71.6  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.629931  n/a   
 
 
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NC_007963  Csal_3208  high-affinity nickel-transporter  29.83 
 
 		 337 aa  71.2  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_0942  high-affinity nickel-transporter  38.94 
 
 		 384 aa  69.7  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0338054  n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_2245  high-affinity nickel-transporter  39.26 
 
 		 330 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009436  Ent638_0316  high-affinity nickel-transporter  25.08 
 
 		 349 aa  60.1  0.00000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0121429 
 
 
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NC_010511  M446_2333  high-affinity nickel-transporter  31.2 
 
 		 337 aa  56.2  0.0000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144614  normal  0.152273 
 
 
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NC_011894  Mnod_0277  high-affinity nickel-transporter  34.09 
 
 		 337 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.66329  n/a   
 
 
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NC_009714  CHAB381_1499  transporter, Ni2+-Co2+ transporter  19.53 
 
 		 490 aa  55.8  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.844578  n/a   
 
 
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NC_008599  CFF8240_1730  Ni2+-Co2+ transporter (NiCoT) family protein  20.54 
 
 		 513 aa  55.1  0.000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013512  Sdel_2047  high-affinity nickel-transporter  26.43 
 
 		 249 aa  52.4  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.035095  n/a   
 
 
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NC_007519  Dde_0285  ABC-type uncharacterized transport system permease component-like  29.41 
 
 		 366 aa  50.4  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0371568  n/a   
 
 
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NC_010676  Bphyt_4270  high-affinity nickel-transporter  43.06 
 
 		 374 aa  50.1  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.577048  normal  0.743573 
 
 
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NC_009485  BBta_1353  putative high affinity nickel transporter  38.71 
 
 		 406 aa  49.3  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.85251  normal  0.315811 
 
 
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NC_013512  Sdel_1480  high-affinity nickel-transporter  34.18 
 
 		 247 aa  47.4  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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