36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1197 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1197  PilT domain-containing protein  100 
 
 		 187 aa  380  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.814698  normal  0.467575 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1524  hypothetical protein  32.95 
 
 		 198 aa  87.8  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00756451  normal  0.102877 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2534  PilT protein, N-terminal  29.66 
 
 		 137 aa  60.5  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.641844  normal  0.62652 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1229  hypothetical protein  24.84 
 
 		 182 aa  60.8  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11632  normal  0.418302 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3962  PilT domain-containing protein  32.33 
 
 		 137 aa  60.1  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1997 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2539  PilT domain-containing protein  33.33 
 
 		 136 aa  58.2  0.00000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.948556 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2873  PilT protein domain protein  26.39 
 
 		 135 aa  52.8  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6277  PilT protein domain protein  29.85 
 
 		 135 aa  52.4  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.466445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4543  PilT protein domain protein  28.15 
 
 		 136 aa  52.4  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1602  PilT protein-like  27.41 
 
 		 135 aa  50.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1213  PilT domain-containing protein  26.67 
 
 		 143 aa  50.8  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.401096 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4833  PilT protein-like  29.79 
 
 		 139 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4182  PilT domain-containing protein  29.79 
 
 		 139 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3333  PilT domain-containing protein  29.79 
 
 		 139 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4565  PilT protein domain protein  27.86 
 
 		 140 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1390  PilT domain-containing protein  29.58 
 
 		 141 aa  49.7  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0857  PilT protein  29.71 
 
 		 140 aa  49.3  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.159356 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2934  PilT protein-like  28.38 
 
 		 144 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.119744  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1999  PIN domain protein  29.41 
 
 		 150 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0463072  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1823  PilT domain-containing protein  26.35 
 
 		 142 aa  45.4  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.402154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2839  nucleic acid-binding protein contains PIN domain  27.21 
 
 		 140 aa  45.4  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.454124  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5170  PilT protein domain protein  28.08 
 
 		 147 aa  44.7  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2919  PilT protein domain protein  27.21 
 
 		 140 aa  43.5  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0076  PilT protein domain protein  28.06 
 
 		 140 aa  43.5  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.379626  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4284  prevent-host-death protein  27.4 
 
 		 145 aa  43.1  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.600657  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0679  putative plasmid stability protein  25.18 
 
 		 145 aa  43.5  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.536522  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0141  PilT protein-like  28.21 
 
 		 157 aa  43.1  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3526  PilT domain-containing protein  26.92 
 
 		 151 aa  42.4  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.318163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3556  PilT domain-containing protein  37.84 
 
 		 165 aa  42.4  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4008  putative PilT-like protein  28.26 
 
 		 163 aa  42  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0624  PilT protein-like  26.11 
 
 		 141 aa  42  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.810517  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3163  PilT protein domain protein  27.94 
 
 		 139 aa  41.2  0.008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.732092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2339  PilT protein domain protein  24.46 
 
 		 141 aa  41.2  0.008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2039  PilT domain-containing protein  26.81 
 
 		 140 aa  41.6  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.837298  normal  0.704455 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2733  PilT protein-like  27.15 
 
 		 145 aa  41.2  0.008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.489446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3418  PilT protein, N-terminal  28.68 
 
 		 150 aa  41.2  0.009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.317439  normal  0.0554428 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>