50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2884 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2884  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  100 
 
 		 167 aa  340  7e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3434  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  54.22 
 
 		 167 aa  190  6e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3623  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  50.6 
 
 		 167 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.640922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3675  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  44.24 
 
 		 167 aa  157  9e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3629  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  37.8 
 
 		 167 aa  136  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.894872  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2546  hypothetical protein  40.85 
 
 		 175 aa  135  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.761879 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0869  hypothetical protein  30.77 
 
 		 170 aa  96.7  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00598997  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003104  glycine cleavage system regulatory protein  29.94 
 
 		 170 aa  85.5  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00303201  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02738  hypothetical protein  28.74 
 
 		 170 aa  81.6  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3321  amino acid-binding ACT  23.81 
 
 		 170 aa  66.6  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05930  ACT domain-containing regulatory protein  27.11 
 
 		 172 aa  65.5  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000527553  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4699  amino acid-binding ACT  27.54 
 
 		 180 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000305264  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2002  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.6 
 
 		 173 aa  62.4  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0587  hypothetical protein  25.9 
 
 		 171 aa  62  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000555119  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2229  amino acid-binding ACT domain protein  26.95 
 
 		 181 aa  60.1  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0964148 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1150  cellulose-binding family II protein  27.89 
 
 		 178 aa  60.1  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4094  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.6 
 
 		 172 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06310  ACT domain-containing protein  25.3 
 
 		 171 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183389  normal  0.204088 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0481  ACT domain protein  25.29 
 
 		 172 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000098406  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1697  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.81 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.54674 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1943  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.15 
 
 		 175 aa  57.4  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1356  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.2 
 
 		 168 aa  57.4  0.00000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03152  ACT domain protein  24.24 
 
 		 168 aa  55.5  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5182  ACT domain-containing protein  27.81 
 
 		 172 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248291  normal  0.129275 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2746  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.42 
 
 		 166 aa  54.7  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.989316  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0332  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.94 
 
 		 172 aa  52.4  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2628  ACT domain-containing protein  22.29 
 
 		 166 aa  51.2  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3885  ACT domain-containing protein  21.76 
 
 		 165 aa  50.8  0.000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1565  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25 
 
 		 166 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.672371 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2819  amino acid-binding ACT domain protein  25 
 
 		 166 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.198658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1537  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25 
 
 		 166 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1532  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25 
 
 		 166 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0236669  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1433  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.93 
 
 		 166 aa  50.4  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2561  ACT domain-containing protein  22.29 
 
 		 166 aa  49.7  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2735  ACT domain-containing protein  22.29 
 
 		 166 aa  48.9  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2585  amino acid-binding ACT  25.53 
 
 		 168 aa  48.9  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1722  ACT domain-containing protein  20.38 
 
 		 166 aa  47.4  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1273  amino acid-binding ACT domain protein  21.56 
 
 		 177 aa  45.8  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1500  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.48 
 
 		 166 aa  45.8  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000613254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18740  glycine cleavage system regulatory protein  24.71 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.960027  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3169  amino acid-binding ACT domain-containing protein  20.41 
 
 		 164 aa  45.4  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.765517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0385  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.08 
 
 		 172 aa  44.7  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000250758  normal  0.230246 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0357  ACT domain-containing protein  24.79 
 
 		 172 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000156308  normal  0.422502 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0383  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.02 
 
 		 172 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000019763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1407  ACT domain-containing protein  25.17 
 
 		 166 aa  43.1  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.222833  normal  0.039362 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0052  glycine cleavage system transcriptional repressor  21.83 
 
 		 179 aa  42.7  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.824677  normal  0.630988 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2199  amino acid-binding ACT domain-containing protein  21.23 
 
 		 175 aa  42.4  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0596072  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4845  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.44 
 
 		 172 aa  41.2  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2380  glycine cleavage system transcriptional repressor (Gcv operon repressor)  21.97 
 
 		 175 aa  40.8  0.01  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0826  amino acid-binding ACT domain protein  21.14 
 
 		 184 aa  40.4  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.892136  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>