38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3629 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3629  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  100 
 
 		 167 aa  344  4e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.894872  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2546  hypothetical protein  52.44 
 
 		 175 aa  168  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.761879 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3675  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  43.29 
 
 		 167 aa  149  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3434  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  40.36 
 
 		 167 aa  148  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2884  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  37.8 
 
 		 167 aa  136  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3623  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  40.36 
 
 		 167 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.640922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0869  hypothetical protein  29.76 
 
 		 170 aa  83.6  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00598997  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003104  glycine cleavage system regulatory protein  26.35 
 
 		 170 aa  75.1  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00303201  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4094  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.81 
 
 		 172 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02738  hypothetical protein  26.95 
 
 		 170 aa  72  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05930  ACT domain-containing regulatory protein  26.35 
 
 		 172 aa  69.3  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000527553  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1273  amino acid-binding ACT domain protein  24.4 
 
 		 177 aa  67.8  0.00000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5182  ACT domain-containing protein  26.63 
 
 		 172 aa  64.3  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248291  normal  0.129275 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4699  amino acid-binding ACT  25.15 
 
 		 180 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000305264  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0587  hypothetical protein  26.19 
 
 		 171 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000555119  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06310  ACT domain-containing protein  25.75 
 
 		 171 aa  62  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183389  normal  0.204088 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2002  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.42 
 
 		 173 aa  61.6  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0481  ACT domain protein  24.55 
 
 		 172 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000098406  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1150  cellulose-binding family II protein  22.22 
 
 		 178 aa  57.4  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2229  amino acid-binding ACT domain protein  26.47 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0964148 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1943  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.71 
 
 		 175 aa  57  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4173  formyl transferase-like  25.3 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0332  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.94 
 
 		 172 aa  52.4  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03152  ACT domain protein  20.48 
 
 		 168 aa  51.6  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3321  amino acid-binding ACT  21.95 
 
 		 170 aa  51.2  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1697  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.75 
 
 		 165 aa  49.7  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.54674 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1500  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.01 
 
 		 166 aa  48.1  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000613254  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0357  ACT domain-containing protein  24.85 
 
 		 172 aa  47.4  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000156308  normal  0.422502 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3169  amino acid-binding ACT domain-containing protein  21.6 
 
 		 164 aa  47.4  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.765517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0385  amino acid-binding ACT domain-containing protein  26.67 
 
 		 172 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000250758  normal  0.230246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0383  amino acid-binding ACT domain-containing protein  26.67 
 
 		 172 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000019763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2525  glycine cleavage system transcriptional repressor  23.53 
 
 		 177 aa  43.9  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4845  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.83 
 
 		 172 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1847  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.94 
 
 		 184 aa  42.7  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00121314  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2628  ACT domain-containing protein  24.39 
 
 		 166 aa  41.2  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2746  amino acid-binding ACT domain-containing protein  16.98 
 
 		 166 aa  41.2  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.989316  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0826  amino acid-binding ACT domain protein  20.61 
 
 		 184 aa  40.8  0.008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.892136  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0493  amino acid-binding ACT domain protein  19.39 
 
 		 165 aa  40.4  0.01  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>