42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2643 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2643  phage major capsid protein, P2 family  100 
 
 		 349 aa  724    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.22943  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3831  phage major capsid protein, P2 family  52.16 
 
 		 351 aa  392  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1937  bacteriophage protein  51.01 
 
 		 338 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.303514 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0205  P2 family phage major capsid protein  51.6 
 
 		 339 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.135016 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1350  P2 family phage major capsid protein  50.14 
 
 		 337 aa  350  2e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37590  Phage P2 major capsid precursor gpN-like protein  49.56 
 
 		 335 aa  347  2e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4837  P2 family phage major capsid protein  48.28 
 
 		 341 aa  346  3e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.892596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1397  phage major capsid protein, P2  48.83 
 
 		 339 aa  343  2.9999999999999997e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2866  phage major capsid protein, P2 family  48.32 
 
 		 353 aa  341  9e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2914  P2 family phage major capsid protein  46.94 
 
 		 334 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.727995 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0926  P2 family phage major capsid protein  47.46 
 
 		 352 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3048  phage major capsid protein, P2 family  47.8 
 
 		 352 aa  334  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000831709 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2775  P2 family phage major capsid protein  48.09 
 
 		 352 aa  333  3e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.765557  decreased coverage  0.0000193345 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3173  phage major capsid protein, P2 family  45.98 
 
 		 375 aa  328  9e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4325  phage major capsid protein GpN  44.9 
 
 		 357 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0111695 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01361  phage major capsid protein, P2 family  45.69 
 
 		 338 aa  325  7e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0582174  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3050  phage major capsid protein GpN  44.61 
 
 		 357 aa  323  2e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148658 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3291  P2 family phage major capsid protein  47.08 
 
 		 335 aa  323  3e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3499  P2 family phage major capsid protein  45.71 
 
 		 364 aa  322  6e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0440112 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2329  P2 family phage major capsid protein  45.81 
 
 		 351 aa  319  5e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4366  phage major capsid protein P2 family  44.96 
 
 		 386 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000142704 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0702  P2 family phage major capsid protein  35.9 
 
 		 340 aa  210  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5054  P2 family phage major capsid protein  35.9 
 
 		 340 aa  210  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.191722  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0357  P2 family phage major capsid protein  34.18 
 
 		 342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0697  P2 family phage major capsid protein  38.05 
 
 		 344 aa  200  3e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.788074  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0585  P2 family phage major capsid protein  34.58 
 
 		 344 aa  199  7e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.685186 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0745  major capsid protein  33.33 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.25788  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1470  P2 family phage major capsid protein  33.33 
 
 		 341 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.321687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2765  P2 family phage major capsid protein  33.33 
 
 		 341 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.758971 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0771  phage major capsid protein  34.5 
 
 		 344 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0241  phage major capsid protein, P2 family  32.01 
 
 		 344 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05027  hypothetical protein  26.88 
 
 		 336 aa  129  6e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0722  P2 family phage major capsid protein  28.62 
 
 		 340 aa  126  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0588159 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1055  P2 family phage major capsid protein  28.41 
 
 		 340 aa  116  5e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1284  P2 family phage major capsid protein  27.74 
 
 		 347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3491  phage major capsid protein, P2 family  28.27 
 
 		 340 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.35706e-17 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2934  phage major capsid protein P2 family  28.27 
 
 		 340 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  7.04671e-22 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0899  P2 family phage major capsid protein  27.21 
 
 		 343 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.425195  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1028  major capsid protein  28.02 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2798  phage major capsid protein, P2 family  25.99 
 
 		 342 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2646  major capsid protein  23.79 
 
 		 334 aa  76.6  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000224362 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0941  P2 family phage major capsid protein  22.88 
 
 		 390 aa  73.2  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>