299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_R0032 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_R0032  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.362082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2128  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.223155  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0043  tRNA-Glu  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  7.66398e-18  hitchhiker  0.000611065 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0053  tRNA-Glu  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.646689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0045  tRNA-Glu  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000328054  normal  0.0346347 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0055  tRNA-Glu  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.380229  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_006368  lppt26  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt27  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt26  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt27  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0046  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118448  normal  0.0335348 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0049  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000939786  normal  0.015549 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0054  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000364712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0055  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537124  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0050  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.517089  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0047  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.374148  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0037  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0115757  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0045  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0001  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0034  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.224261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu01  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 79 bp  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.484379  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu02  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 79 bp  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu03  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 79 bp  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0038  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.012292  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0186  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2009  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0045  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0637715  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0076  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000131941  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0105  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00614062  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0079  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0075  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000263239  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0046  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.113543  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0083  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000720512  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0043  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0177795  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0110  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000208441  normal  0.204301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0104  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0156595  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0038  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000255678  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0078  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000635495  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0077  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000145614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0074  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000046104  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0073  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000527545  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0081  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000920417  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0036  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000509558  normal  0.204566 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0042  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00353157  normal  0.196649 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0044  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369113  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0084  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000679544  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0082  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000277046  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0080  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0039  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037327  normal  0.202032 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0107  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000800157  normal  0.198149 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0106  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00248374  normal  0.1959 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0037  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000218875  normal  0.202852 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0112  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000133655  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0111  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000137608  normal  0.208411 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0109  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000218236  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0113  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000136278  normal  0.205687 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0108  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0040  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00115197  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0072  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000259101  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0041  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00117602  normal  0.194797 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0030  tRNA-Glu  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0040  tRNA-Glu  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000578854  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3401  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0670786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3472  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00023531  normal  0.785224 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0048  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0601001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0050  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.119449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0052  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.233686  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4284  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000489125  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0036  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0894618  normal  0.0649973 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t20  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t22  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t30  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111782  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t32  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA60  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.095942  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R33  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R35  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R62  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R64  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R66  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0023  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.834038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0016  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000647027  hitchhiker  0.00000106632 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1919  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00151409  normal  0.292752 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0014  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000370587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4190  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00029698  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2336  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0131684  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0045  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0333401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0041  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885225 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4216  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133179  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0008  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.114306  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0108  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0206919  unclonable  0.0000000263061 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0097  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000137842  hitchhiker  0.00043068 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4194  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000043379  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0009  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000494179  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0038  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000180021  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0012  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000289432  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0039  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000141026  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0027  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0216822  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>